BIOCHEMIA WYKŁADY ŚCIĄGA, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA


BIOCHEMIA WYKŁADY

kataliza enzymatymatyczna

model Michaelisa-Mnten

k1 k3

E+S-> ES -> P + E k3-liczba obrotow enzymu

<-

k2

szybkosc reakcji enzymatycznj - ilosc produktu powstalego w jednostce czasu

Ves = [E][S]K1 - tworzenie

Ves = (k2+k3)[ES] - przeksztalcnie

[E][S]k1=(k2+k3)[ES]

[ES]=[E]{S]/(k2+k3)/k1

k2+k3/k1 = Km

stała michaelisa - miara stabilnosci tego kompleksu enzym-substrat [ES]

STAŁA MICHAELISA - Km

-oznacza stezenie ubstratu przy ktorym polowa mijsc aktywnych nzymu jest wysycona (stez.sustratu przy ktorym V0=1/2Vmax)

-jest miara stabilnosci kompleksu ES

-okresla powinowactwo enzymu do substratu

Vmax-wysycenie calkowite miejsc aktywnych przez substrat

Km>male powinowactwo nzymu do substratu (duzo substancji potrzbnej aby uzyskac Vmax/2)

Km<duze powinowactwo enzymu do substratu

V0=Vmax[S]/Km+[S]

Enzymy allosteryczne

-dzialaja niezgodnie z rownaniem Michalisa-Mnten

-krzywa przedstawiajaca zaleznosc szybkosci reakcji enzymatycznej od stezenia substratu - sigmoidalna

-bialka o rozbudowanej strukturze IV rzedowej (wiele podjednostek)

-oprocz centrum aktywngo zawieraja centrum allosteryczne d ktorego wiaza sie efektory

-przyklad enzymu KARBAMOILOTRANSFERAZA ASPARAGINIANINOWA - enzym katalizujacy biosynteze pirymidyn

Specyficznos enzymow-jdna z najazniejszych dla metabolizmu komorki wlasniwosci nzymow

-specyficznosc substratowa - enzymy proteolityczne rozszczepiaja wiazania peptydow (trypsyna, chymotrypsyna) substratem jest dla nich bialko

trypsyna rozszczepia wiazania peptydowe od strony karbloksylowej lizyny i argininy (ich lancuchy boczne maja ladunek dodatni) natomiast w tym enzymie miejsce wiazania substratow znajduje sie kwas aparaginowy (=asparaginian, ma ladunek ujemny) - latwo moze sie tworzyc kompleks konieczny do zajscia katalizy enzymatycznej

chymotrypsyna rowniez dziala na wiazania ale rozszczepia je od strony karboksylowej fenyloalaniny i tryptofanu - w miejscu wiazania chymotrypsyna ma glicyne i seryne-maja krotka grupe lancucha bocznego, ulatwia to utworzenie ES

-specyficznosc katalizowanej reakcji - oznacza to ze kazdy enzym katalizuje okreslona reakcje - przykladem jest dany aminokwas ktory moze ulegac oksydacyjnej deaminacji, dekarboksylacji i transaminacji

Czynniki wplywajace na szybkosc katalizowanej reakcji:

stezenie substratu

stezenie enzymu

temperatura -wraz ze wzrostem temp wzrasta szybkosc reakcji, do pewnych granic, bo enzym jest bialkiem, do 40stopni, powyzej 40stopni gwaltowani spada efektywnosc reakcji, optymalna tem to 38stopni do dzialania wiekszosc enzymow; enzymy dla bakterii termofilnych moga wytrzymywac 80-100 stopni

pH- kazdy enzym ma swoje pH - pepsyna[kwasny],amylaza slinowa[obojetny], trypsyna[alkainczny] (enyzmy trawienne) - dzialaja one w roznych pH inhibitory =efektor - hamowanie reakcje katalizowane przez enzym; zwiazki endogenne, zwiazki powstajace w wyniku przemian metabolicznych, egzogenne

aktywatry =efektor - beda aktywowac

Rodzaje inhibicji enzymatycznej:

1. nieodwracalna - dochodzi do bardzo silnego powiazania miedzy enzymem i inhibitorem, tworza sie wiazania silna, kowalncyjne, eznym jest inaktywowany; przykladem jest penicylina hamuje ona enzym ktory bierze udzial w syntezie sciany komorkowej bakterii - transpeptydaza peptydoglikanu

2. odwracalna

kompetecyjna (wspolzawodnictwo) - Enzym-Inhibitor, E-S, >Km, bo <powinowactwo enzymu do substratu, Vmax, b2

nikompetecyjna - EI, ES, EIS, Km bez zmian, Vmax <

Regulacja aktywności enzymow

białka regulatorowe (np. kalmodulina-wewnatrz komorkowy receptor jonow wapnia dwu wartosciowego)

mechanizm srzężenia zwrotnego (regulacja ujemna i dodatnia)

fosforylacja/defosforylacja

aktywnosc proteolityczna

Izoenzymy = izozymy

molekuraln formy danego enzymu, ktore katalizuja te sama reakcje ale roznia sie:

sekwencja aminokwasowa

wlasciwosciami fizycznymi

parametrami kinetycznymi (Km, Vmax)

pochodza zazwyczaj z roznych genow - np. dehydrogenaza mleczanowa (LDH) - uczestniczy w beztlenowym metabolizmi glukozy i syntzie glukozy

CYTOCHROMY P-450

klasyfikacja enzymów (kryterium typ katalizowanj reakcji)

1) oksydoreadukatazy - katalizują reakcje utleniania i redukcji (przylaczanie lub odlaczanie elektornow przez poszczegolne czasteczki)

2. transferazy - katalizuja reakcje w ktorych nastepuje przenoszenie grup funkcyjnych

3. hydrolazy - katalizuja rozszczepienie roznego typu wiazan - np. estrowe, peptydowe przy udziale wody

4. liazy (+syntazy) - katalizują rozszczepienie wiązan ale bez udzialu wody, gdy dojdzie do powstania zwiazku po katalizie wtedy nazywamy te enzymy syntazami

5. izomrazy - enzymy katalizujące przemieszczenia grup atomow wewnątrz cząsteczki (cis, trans)

6. ligazy (syntetazy) - katalizuja reakcje w ktorych powstaja wiazania pomiedzy czasteczkami, wymaga to nakladu energii i to enzymy to syntetazy

Dzialanie nzymow w ukladach biologicznych:

-zwikszenie szybkosci reakcji

-obnizeni energii aktywacji

-wysoce specyficzne pod wzgledem substratu i typu reakcji

-stabilizuja stan przejsciowy reakcji

-nie przeprowadzaja reakcji termodynamicznie niemozliwych a jedynie ulatwiaja przebieg reakcji

-ich aktywnosc podlega regulacji

Liczba obrotow enzymu - pojecie zwiazan z aktywnoscia enzymu - jest to liczba czasteczek substratu jaka jest przeksztalcona w produkt reakcji przez 1 czasteczke enzymu w ciagu 1 sekundy w optymalnych warunkach, przy maksymalnym wysyceniu enzymu substratem -

KATAL jednostka aktywnosci enzymatycznej, taka aktywnosc katalityczna enzymu, ktora katalizuje przemiane 1 mola substratu w ciagu 1 sek w optymalnych dla aktywnosci enzymu warunkach (optymalna temperatura, pH)

Jdnostka aktywnosci enzymatycznej (U, J)taka ilosc enzymu ktora katalizuje przeksztalcenie 1 mikromola substratu w ciagu 1 minuty w optymalnych dla enzymu warunkach

Przeciwciala (immunoglobuliny) - grupa bialek surowicy - wytwarzanych w limfocytach b i komorkach plazmatycznych jako swoist odpowiedz organizmu na substancje obce - antygeny

wykazuja zdolnosc niekowalencyjnego ale silnego swoistego wiazania antygenu

Klasy przeciwcial (IG)

1. IgG - wystepujace w surowicy w najwiekszym stezeniu maja zdolnosc przechodzenia przez lozysko (immunologiczna ochrona plodu)

2. IgA - ochrnoa przeciw antygnom bakteryjnym i wirusowm w wydzielinach zewnetrzych np. lzy, slina, sluz drog oddech

3. IgM - pojawia sie jako pierwsza odpowiedz na antygny drobnoustrojow

4. IgD - nie poznana rola, na powierzchni dojrzalych limfocytow B

5. IgE - w obronie przed pasozytami

Uklad odpornosciowy - zbior mniej lub bardziej wyspecjalizowanych komorek tkanek organizku ktorych funkcja jest obrona przed patogenami ktore zostaja rozpoznane i unieszkodliwione

tworza go:

komorki limfocyty B, T, APC-komorki prezentujace antygen

przeciwciala

cytokiny

chemikiny i czynniki wzrostu

LIMFOCYT T - wytwarzan w grasicy - subpopulacje: limfocyty T cytotoksyczne (Tc) i limfocyty T pomocnicze (Th)

LIMFOCYTY B - powstaja w szpiku kostnych - odpowiedzialza wytwarzanie przeciwcial

Komórki prezentujace antygen = APC - pobudzaja limfocyty th -> produkcja cytokin -> modulja odpowiedz odpornosciowa

CYTOKINY - czasteczki bialkowe - wplywaja na wzrost poliferacje i pobudzani komorek bioroacych udzial w odpowiedzi odpornosciowej

CHEMOKINY - niskoczasteczkowe bialka - pobudzaja okreslone receptory blonowe

Podstawow fucnke ukladu odpornosciowego

-rozpoznani patogenow

-uruchomienie mechanizmow prowadzacych do zniszczenia patogenow

Pierwotna i wtorna odpowidz immunologiczna:

1. pierwotna - odpowiedz immunologiczna wystepujaca po pierwszym kontakci z antygnem w ciagu 3-14dni. odpowiedz ta po kilku tygodniach wygasa

2. wtorna - zjawisko szybkiego i silnego reagowania ukladu odpornosciowego na antygen ktorym organizm mial wczesniej kontkat, uczestnicza w niej komorki pamieci w ktore roznicuja sie limfocyty B i T

Uklad odpornosciowy 2 powiazane ze soba uklady

1. humoralna - przeciwciala jako elementy rozpoznajac obce czasteczki

unieszkodliwianie antygenu na drodze reakcji z przeciwcialami. cecha chaakterystyczna tej reakcji jest jej szybki przebieg

1. antygn rozpuszczalna czasteczka - wytracenie kompleksu antygen-przciwcialo

2. antygen wystepuje na powierzchni k. bakt - zlepianie = aglutynacja

3. liza mikroorganizmu przy udziale ukladu dopelniacza (sklada sie z 20bialk)

2. komorkowa - komorki cytotoksyczne limfocyty yc rozpoznajace i niszczac komorki ktore na swojej powierzchni prezntuja obce motywy

KWASY NUKLEINOWE

jdnostka monomeryczna kw nukleinowych: jedna z czterech zasad azotowych, cukier, kwas fosforowy

zasady azotowe: purynowe sa dwupierscieniowe - adenine i guanine

pirymidynowe - jednopierscieniowe - cytozyna i tymina

ADENINA - deoksyadenozyno5monofosforan dAMP, dADP, dATP

GUANINA - deoksyguanozyno5'monofosforan dGMP. dGDP, dGTP

CYTOZYNA - deoksycytydyno5'monofosforan dCMP. dCDP, dCTP

TYMINA - deoksytymidyno5'monofosforan dTMP. dTDP, dTTP

zaady komplmntarnosci - AT, CG zawsze tak te zasady sie lacza, pomiedzy nimi wytwarzane sa wiazania wodorowe

STRUKTURA PRZESTRZENNA DNA

-dwa zawiniete razem polinukleotydowe ulozone wzgledem siebie antyrownolegle tworza prawoskretna helise

-struktura helisy stabilizowana jest wiazaniami wodorowymi oraz oddzialywaniami hydrofobymi pomiedzy sasiednimi zasadami

-zasady umieszzon sa do wntrza dwuniciowej helisy reszty cukrowe i fosforanow na zewnatrz hlisy

-dwa lancuchy lacza si wiazaniami wodorowymi miedzy komplementarnymi zasadami

-pary zasad komplementarnych AT i CG

para AT powiazana 2 wiazaniami wodorowymi a CG 3 wiaz. wodor.

Elementy skladowe DNA i RNA

DNA zasady: A,G,C, T cukier: deoksyryboza

RNA zasady: A, G, C URACYL cukir: ryboza

Rodzaje RNA :

- transportujace RNA tRNA - niekodujacy, bierze udzial w transporcie aminokwasow z cytoplazmy do rybosomow, gdzie odbywa sie synteza białek

- informacyjny RNA mRNA - kodujac, stanowi matryce dla syntzy bialka,

- ryboomowy RNA rRNA - 80% calego RNA wystepujacego w komorce, jest skladnikiem rybosomow na ktorych obywa si synteza bialek

ROLA BIOLOGICZNA DNA I RNA

DNA: plni funkcje materialu gnetycznego, w komorkach eukariotycznych zlokalizowany w jadrze k. i w mitochondrium; w k. prokariotycznych w postaci nukleoidu

RNA: material genetyczny niektorych wirusow, mRNA stanowi matryc wedlug ktorej syntetyzowane sa bialka, niktore czasteczki RNA wykazuja zdolnosci katalityczne, k komorkach eukariotycznych zlokalizowany w jaderku i cytoplazmi, w komorkach prokariotycznych w cytoplazmi

LIPIDY = tłuszczowce

grupa zwiazkow organicznych bardzo zroznicowanych pod wzgldem struktury i budowy, wszystkie zwiazki zaliczane do lipidow maja w swoim skladzie kwasy tluszczowe co determinuje ich charakterystyczne cechy: zle rozpuszczaja sie w wodzie ale dobrze rozpuszczaja sie w rozpuszczalnikach organicznych

funkcje:

energetyczne: paliwo biochemiczne jst wysoko energetyczne, o duzo wyzszej energii niz weglowodany

strukturalne :stanowia element strukturalny, elementy skladowe wszystkich blon biologicznych

ochronne: (mechaniczne, trmoizolacyjne) - prowadzon wokol narzadow chronia przed uszkodzeniami mechanicznymi, w komorkach zwierzecych lipidy gromadzone sa w specjlanych komorkach tluszczowych zwanych - adipocyty, a w komokach roslinnych znajduja sie w cytolazmie

funkcje substancji biologicznie czynnych: np prostaglandyny-pochodne kwasow tluzczowych-stymuluja stany zapalne w organizmie, DAG-wtorne czastczki sygnalizacyjna, ma dzialanie wwnatrzkomorkowe, wzrost stezenia diacyloglicerolu moze powodowac zmiany w funkcjonowaniu komorek

TRIACYLOGLICEROLE = TLUSZCZE WLASCIWE

estry kwasow tluszczwych i glicerole

Lipidy błonowe

1. fosfolipidy

fosfoglicerydy (rdzen-glicerol polaczony z2 kwasami tluszczowymi i zawiera ufosforylowanym alkoholem taki fosfolipid zwany bedzie fosfoglicerydem, tym alkoholem moze byc inozytol, ktory jest cyklicznym alkoholem 6-weglowym

sfingomieliny (sfingozyna jest aminoalkoholem nienasycownym, jezeli rdzen bedzie sfingozyna polaczona z 1czasteczka kw tluszczowego oraz bedzie ufosforylowana cholina to wtedy mamy doczynienia z sfingomeliną)

2. glikolipidy (sfingozynowe - skladaja sie z sfingozyny jak rdzenia, kwasu tluszczowego oraz jednej jesdnostki cukrowej np. glukoza lub galaktoza [-epimery rozniace sie konfiguracja przy jednym atomie wegla asymetrycznego] - okreslamy ten glikolipid jako cerebrozyd; a gdy wystepuje wiecej jednostek cukrowych np. 7 nazywamy wtedy gangliozydami;)

3. cholesterol -wystepuje tylko w komorkach zwierzecych, determinuje plynnosc blon, nie wystepuje w komorkach roslinnych ani prokariotycznych

rdzen steroidowy w ktorym znajduje sie charakterystyczna grupa hydroksylowa przy 3 weglu za posrednictwej ktorej laczy sie z fosfolipidami, jest prekursorem hormonow steroidowych

Jednostki hydrofobowe i hydrofilowe lipidow blonowych:

lipidy blon: jednostki hydrofobowe: jednostki hydrofilowe:

fosfolipidy lancuchy kwasow tluszczowych ufosforylowany alkohol

glikolipidy lancuch kwasu tluszczowego i weglowodorowy lancuch sfingozyny jedna lub wiecej reszt cukrowych

cholesterol cala czasteczka z wyjatkiem grupy OH gupa OH

lipidy blonowe sa czasteczkami amfipatycznymi

jednostka hydrofilowa = głowa polarna

jednostka hydrofobowa = ogony węglowodorowe

dwuwarstwa lipidowa = warstwa bimolekularna

struktura micelli i dwuwarstw lipidowych

BIALKA BLONOWE - w zaleznosci od stopnia ich zwiazania z blona

bialka integralne - polaczone z dwuwarstwa lipidowa, przechodza przez ta dwuwarstwe, tylko wiazania niekowalencyjne

bialka peryferyczne - nie maja kontaktu z dwuwastwa lipidowa,

Bialko: Funkcje: Klasa funkcjonalna:

receptor cz.wzrostu wiaze cz.wzrostu ->sygnał ->wzrost i podzial komorki RECEPTOR

cyklaza adenylowa katalizuje wytwarzanie cAMP ENZYM

pompa Na+, K+, ATPaza aktywny eksport NA+ i import K+ BIALKO TRANSPORTUJACE

Na+/K+

blony biologiczne sa plynne, dynamiczne i aymetryczne

Charakterystyka blon biologicznych:

-struktury warstwowe zbudowane gl z lipidow i bialek

-lipidy blon tworza dwuwarstwy zawieraja reszty hydrofilowe i hydrofobowe

-bialka blon dzialaja jako pompy, receptory, enzymi

-bialka i lipidy blon polaczone sa niekowalncyjnie

-struktury asymetryczne

-struktury plynne (plynnosc reguluje cholesterol)

-charakteryzuja sie wybiorcza przepuszczalnoscia

Mechanizmy transportu przez blony biologiczne:

1. transport bierny = pasywny

beznosnikowy = dyuzja prosta

nosnikowy = dyfuzja ulatwion

2. transport czynny = aktywny

energia niezbedna do tego procesu, pochodzi z:

utlenienie metabolitow w lancuchu oddechowym

hydroliza ATP

gradient jonow

3. ruch blon

endocytoza fagocytoza i pinocytoza

egzocytoza

Funkcje blon biologicznych

-koordynacja i utrzymanie w stanie rownowagi olbrzymiej ilosci reakcji chemicznych zachodzacych w zywej komorce

-zapewnienie mozliwosci przekazywania informacj miedzy komorkami oraz wewnatrz pojedynczej komorki

-nadawanie ksztaltu ukladowm ozywionym i regulacja ich objetosci

-pelnie role w procesach przeksztalcania energii

Frakcjonowane wirowanie homogenatu komorkowego

Homogenat 600g 10'

jadra komorkowe

supernatant 1 6-10000g -

mitochondria lizosomy i peroksysomy

supernatant 2 40000g 30' -

blona komorkowa fragmenty ap. Golgiego

supernatant 3 105000g 60-90'

mikrosomy i cytosol

Metody rozdzialu bialek:

1. wysalanie (precypitacja)

2. elektroforeaza

3. chromatografia:

filtracja zelowa - saczenie molekularne

jonowymienna

powinowactwa

WYSALANIE -zaleznosc rozpuszczalnosci bialek od stezenia soli

-sole nieorganiczne zwiekszaja rozpuszczalnosc bialek

-przy pewnym stezeniu soli - wytracenie bialka (precypiltacja)

-w zaleznosci od rodzaju balka zjawisko wysalania ma miejsce przy roznych stezeniach soli

-siarczan amonu, siarczan sofu, chlorek sodu (za pomoca 0,8M siarczanu mozna uzyskac fibrynogen)

Punkt izoelektryczny bialka pI - wartosc pH przy ktorej ladunek wypadkowy bialka wynosi zero (brak migracji bialka w polu elektromagentycznym)

- ladunek wypadkowy (calkowity) - suma dodatnich i ujemnych ladunkow bocznych reszt aminokwasowych lancucha polipeptydowego

Elektroforeza w żelu poliakryloamidowym (Page) -czaasteczki bialek w polu elektrcznym mogruja z szybkoscia zalezna od ich masy czasteczkowej i wypadkowego ladunku

Elektoroforeza zdenaturoanego bialka (SDS-PAGE) - rozdzial bialek na podstawi roznic w ich masie czastczkowej

-denaturacja bialka SDS (dodecylosiarczan sodu, ladunek ujemny)

-DS niszczy wiazania niekowalencyjna

-tworzenie kompleksu SDS/bialko (duzy ladunek ujemny)

-elektroforeza kompleksu

-wybarwienie bialek (błekit Coomassiego)

GLIKOLIZA przebiega w warunkach tlenowych jak i beztlenowych, w eukariotach w cytoplazmie (cytozol)

glukoza+ 2ADP + 2Pi + 2NAD' -> 2 czasteczki pirogranianu + 2ATP + 2NADH + 2H(+) + 2H2O

REAKCJE WCHODZACE W SKLAD GLIKOLIZY

*1. glukoza jako 6weglowy cukier, w pierscieniu pirazonowym, ulega ufosforylowaniu, grupa fosforanowa zostaje przylaczona do 6 wegla, powstaly wiazek nazywamy glokoza-6-fosforan, reakcja ta jest nieodwracalna i jest to reakcja, ktora jest katalizowana przez enzym heksokinazy- zaliczany do klasy enzymow transferazy (przenosi roznego typu grupy, ten enzym przenosi nam grupe fosforanowa), donorem jest ATP, punkt kontrolny glikolizy, aktywnosc nzymu moze byc hamowana, co bedzie skutkowac spowolnieniem procesu

2. reacja gdzie glukozo-6-fosforanl9aldozae0 ulega izomerazie, powstaje zwiazek fruktozo-6-fosforan, staje sie ketozą, katalizowana jest przez enzym izomeraze,

*3. fruktozo-6-fosforan zostaje przeksztalcony do fruktozo-1,6-bifosforan, poprzez fosfofruktokinazę, zostaje dolaczona druga grupa fosforanowa zostaje dolaczona, w tej reakcji dawca tej grupy fosforanowej jest ATP, reakcja nieodwracalna, rowniez stanowi punkt kontrolny glikolizy, katalizowany jest fosfofruktokinaze, ktora zaliczana jest do kinaz

4. w rekacji tej dochodzi do rozszczepienia zwiazku 6weglowego na 2 zwiazki 3weglowe, jest to ufosforylowany fosfodihydroksyaceton (ketoza) i aldehyd 3-fosforoglicerynowy (aldoza), katalizowany przez enzym aldolaza, zaliczany do klasy enzymow liazy

fosfodi...moze byc wykorzystywany w reakcjach anabolicznych-synteza tluszczow, lub podczas przeksztalcania w aldehyd

5. fosfodihydroksyaceton za pomoca izomerazy zostaje przeksztalcony w aldehyd-3-fosfoglicerynowy

6. aldehyd-3-fosfoglicerynowy ulega przeksztalceniu w 1,3-bifosfoglicerynian, zostaje utleniony z rownoczesnym przylaczeniem grupy fosforanowej, reakcja katalizowana przez dehydrogenaza-ktora zaliczamy do klasy enzymow oksydoreduktazy, wymaga kofaktora NAD+ ktory redukcji

7. w tej reakcji dochodzi do przenoszenia grupy fosforanowej ze zwiazku 1,3-bifosfoglicerynian co tworzy 3-fosforoglicerynian i czasteczka ATP, katalizowana przez kinaze fosfoglicerynianowej

8. 3-fosforoglicerynian zostaje przekszalcony na 2-fosforoglicerynian , pozycja grupy fosforanowej przeskakuje z 3 na 2, katalizowany przez enzym fosfogliceromutaze, ktory jest zaliczany do klasy izomeraz, obejmujaca m.in podklase wewnątrzczasteczkowa transferaza

9. 2-fosforoglicerynian zamienia sie w fosfoenolopirogronian, katalizowany przez enolazę, zostaje w tej reakcji odszczepiona czasteczka wody od zwiazku 2-fosforoglicerynian i przylaczona do fosfoenolopirogronianu, enzym zaliczany jest do klasy liazy

*10. fosfoenolopirogronian zostaje przeksztalcony w pirogronian,j est to reakcja nieodwracalna, stanowi punkt kontrolny procesu glikolizy, katalizowana przez kinaze pirogronianową zaliczana do transferanz, powstaje kolejna czasteczka ATP

*- <reakcje kontrolne

Funkcje szlaku glikolitycznego

-wytwarzanie ATP kosztem degradacji glukozwy

-dostaczenie prekursorow(substratow) do innych szlakow metabolicznych - np dihydroksyaceton

ATP na 1 czasteczke glukozy reakcja

-1 r. 1

-1 r. 3

+2 r. 7

+2 r. 10

netto +2

Intermediaty glikolizy - prekursory innych czasteczek

glokozo-6-fosforan - nukleotydy

fruktozo-6-fosforan - aminocukry, glikolipidy, glikoproteiny

fosfodihydroksyaceton - lipidy

3-fosfoglicerynian - seryna

fosfoenolopirogronian - aminokwasy, pirymidyny

pirograonian - alanina

PUNKTY KONTROLNE GLIKOLIZY

-nieodwracalna reakcja fosforylacji glukozy, katalizowana przez heksokinaze

-nieodwracalna reakcja przeksztalcenia fruktozo-6-fosforanu do fruktozo 1,6-bifosforanu, katalizowana przez fosfofruktokinaze - najwazniejszy punkt kontrolny

-nieodwracalna reakcja przeksztalcenia fosfoenolopirogronianu do pirogronianu, katalizowana przez kinaze pirogronianowa

Przemiany pirogronianu

glikoliza

2czasteczki pirogronianu

1.tlenowa 2.beztlenowa 3.beztlenowa

cykl krebsa mleczan alkohol etylowy

2. beztlenowa: z pirogronianu po dehydrogenazie mleczanowej powstaje kwas mlekowy - mleczan

3. pirogronian ulega dekarboksylacji katalizowane przez dekarboksylaze , powstaje aldehyd octowy nastepnie aldehyd ten przy udziale dehydrogenazy alkoholowej przeksztalca sie do alkoholu etylowego rownoczesnie w tej reakcji NADH+H+ zotaje przeksztalcony w NAD+ (regeneracja zredukowanego NADH)

1. cykl krebsa (kwasu cytrynowego) zachodzi w mitochondriach(prokarioty) i cytozolu(eukarioty)

CYKL KREBSA

oksydacyjna dekarboksylacja pirogronianu

pirogronian + CoA + NAD+ -> kompleks dehydrogenazy pirogronianowej -> acetylo-CoA** + CO2 + NADH

** acetylokoenzymA

reakcja laczaca proces glikolizy i cykl krebsa

SUMARYCZNE RONANIE CYKLU KREBSA

Acetylo CoA + 3NAD+ + FAD + GDP +Pi + 2H2O powstaje:

2CO2 + 3 NADH + FADH2 + GTP* + 2H+ + CoA

*GTP powstaje w komorkach zwierzecych zazwyczaj - zwiazek wysokoenergetyczny

Na cykl krebsa sklada sie 8 reackji:

1. acetylo-CoA ulega nieodwracalnej kondensacji ze szczawiooctanem katalizowana przez syntaze cytrynianowa z czego powstaje cytrynylo-CoA po czym powstaje nam cytrynian

2. cytrynian ulega przeksztalceniu do izocytrynianu, katalizowana przez enzym akonitaza, reakcja ta nazywana jest jako stereospecyficzna reakcja izomeryzacji

cytrynian -> akonitaza-> cisakonitan - izocytrynian

3. bardzo wazna reakcjai, izocytrynian zostaje utleniony do alfa-ketoglutaranu, katalizowana przez dehydrogenaze izocytrynnianowa, powstaje produkt posredni szczawiobursztynian, od ktorego odlacza sie czasteczka CO2

reakcja oksydacyjna dekarboksylacji

4. rowniez eakcja oksydacyjnej dekarboksylacji, alfa-ketoglutaran -> kompleks dehydrogenazy -> bursztynylo-CoA

5. bursztynylo-CoA -> syntetaza bursztynylo-CoA -> bursztynian - jedyna reakcja cyklu krebsa gdzie powstaje wysokoenergetyczny zwiazek (GTP,ATP)

6. bursztynian -> fumaran, enzyn katalizujacy te reakcje to dehydrogenaza bursztynianowa, wymaga kofaktora FAD (nie NAD tak jak w innych reakcjach) ktory ulega redukcji do FADH2

7. fumaran zostaje przeksztalcony w jabłczan, katalizowany przez fumaraze - zaliczana do liaz, rozszczepiajacych wiazania

8.jabłczan -> szczawiooctan potrzeba kofaktora NAD ulegajacego redukcji, katalizowany poprzez dehydrogenaze jabłczanowa

poprzez utworzenie szczwiooctanu zostaje ukonczony jeden obrot cyklu krebsa

CYKL KREBSA punkty kontrolne:

-synteza cytrynianu ze szczawiooctanu i cetylo-CoA, reakcja katalizowaa przez syntaze cytrynianowa

-reakcja tworzenie alfa-ketoglutaranu z izocytrynianu, katalizowana przez dehydrogenaze izocytrynianowa

-reakcja powstania bursztynylo-CoA, katalizowana przez dehydrogenaze alfa-ketoglutaranowa

FUNKCJE CYKLU KREBSA

-utlenienie pirogronian z jednoczesnym uzyskiwaniem energii

-intermediaty cyklu dostraczaja czasteczek do wielu procesow anabolicznych

Intermediaty cyklu krebsa - prekursory bioczasteczek

cytrynian -> kwasy tluszczone, cholesterol

alfa-ketoglutaran -> glutaminian i inne aminokwasy i puryny

bursztynylo-CoA -> hem, chlorofil

szczawiooctan -> asparaginian, inne aminokwasy, puryny, pirymidyny

ŁAŃCUCH ODDECHOWY:

układ oksydacyjno-redukcyjny umiejscowiony w wewnetrznej blonie mitochondrialnej biorace udzial w transporcie elektronow na tlen czasteczkowy sprzezony z procesem fosforylacjii oksydacyjnen (synteza ATP)

Glikoliza - cytozol

glukoza + 2NADH+ + 2ADP + 2Pi

powstaja: 2 czasteczki pirogronianu + 2 NADH + 2 ATP + 2 H+ +2H2O

oksydacyjne dekarboksylcja pirogronianu - mitochondria

pirogronian + NAD+ + CoA -> acetylo-CoA + NADH+CO2

cykl krebsa - mitochondria

acetylo-CoA + 3NAD+ + FAD + GDP + Pi+ 2H2O -> 2CO2 + 3NADH + FADH+ + GTP + 2H+ + CoA

MITOCHONDRIUM:

wewnetrzna blona mitochondrialna - fosforylacja oksydacyjne

kompleks syntazy ATP

przestrzen wewnetrzna - matriks - oksydacyjna dekarboksylacja pirogronianu, cykl krebsa

zewnetrzna blona mitochondrialna

Lancuch oddechowy:

kompleksy enzymatyczna przenosniki elektronow

OKSYDOREDUKTAZA NADH-CoQ FMN

Fe-S (centra żelazo-siarkowe)

FADH2

CoQ <- REDUKTAZA BURSZTYNIAN-CoA

OKSYDOREDUKTAZA CoQ-CYT.c Fe-S

cytochrom b, cytochrom c1

Cyt.c

OKSYDAZA CYTOCHROMOWA cytochrom a, a3, 2at. Cu

O2

Mechanizm fosforylacji oksydacyjnej - chemiosmotyczna teoria mitchella

3pompy protonowe = 3kompleksy enzymatyczne

wydajnosc energetyczna 1 obrotu cyklukrebsa

REAKCJA LICZBA CZASTECZEK ATP

GDP + P1 -> GTP 1

fosforylacja substratowa

UTLENIENIE 3CZ.NADH 7,5

UTLENIENIE 1 CZ.FADH2 1,5

fosforylacja oksydacyjna

RAZEM 10

czołenko błonowe = GLICEROLOFOSFORANOWE

GLIKOLIZA

REAKCJA LICZBA CZASTECZEK

2ADP + 2 i -> 2ATP 2

fosforylacja substratowa

ULENIENIE 2CZ.NADH 3

czolenko gliccero-P

fosforylacja oksydacyjna

RAZEM 5

BILANS UTLENIENIA 1CZ.GLUKOZY

ATP ZUZYTY ETAPY POWSTAWANIE ATP

FOSFORYLACJA SUBSTRATOWA FOSFORYLACJA OKSYDACYJNA

2ATP GLIKOLIZA 2ATP 3ATP

NETTO: 5ATP

OKSYDACYJNA

DEKARBOKSYLACJA --- 5ATP

PIROGRONIANU

NETTO: 5ATP

CYKL KREBSA 2GTP 18ATP

NETTO: 20ATP

SUMA: 30ATP

6.05.10

Proces transkrypcji i translacji, determinujace przeplyw informacji genetycznej

DNA - informacja w sekwencji zasad czast DNA jest przekazywana z pokolenia na pokolenie na poziomie komorki jak i na poziomie calego organizmu, rownoczesnie ta informacja jest pozniej przekazywana na mRNA w procesie transpkrypcji, a nastepnie jest wykorzystywana do syntezy bialka czyli procesu okreslanego jako translacja

DNA ->mRNA ->białko

replikacja ->transkrypcja ->translacja (synteza białka) -> białko enzymatyczne katalizujace procesy metaboliczne

S->P - reakcja enzymatyczna

sam proces replikacji jest procesem wieloenzymatycznym ktory zapewnia wierne powielenia czasteczki DNA zanim nastapi podzial komorki, ma miejsce w fazie S cyklu komorkowego

cykl komorkowy w ogolnym zarysie przebiega podobnie w komorkach eukarioty i prokarioty sklada sie z dwoch faz: S i fazy M czyli podzialu komorki, a te fazy przedzielone sa dwiema fazami G1 i G2

S - synteza DNA

M - podzial komorki

G1

G2

u bakterii najszybszy jest cykl trwa ok 20 minut, a u eukariot czas cyklu jest zroznicowany np .w jelicie 12h, a w watrobie cykl ten trwa 1rok

Replikacja DNA czyli synteza jest to proces semikonserwatywny, oznacza to ze aby nastapilo powielenie czasteczki DNA zawsze nastepuje na okreslonej nici rodzicielskiej, DNA musi ulec rozpleceniu i wtedy te nici stanowia matryce dla syntezy na nici rodzcielskiej

Fazy replkacji DNA:

-inicjacji rozpoczecie procesu syntezy dna

elongacji wysluzanie lancucha polinukleotydowego, przylaczanie kolejnych nukleotydow, fosfodiestrowe polaczenia

terminacja - zakonczenie procesu replikacja

proces replikacji rozpoczyna sie w scisle okreslonym miejscu genomu, rejon tzw, miejsce ori czyli dlugosc 245 par, charakteryzuje sie obecnoscia adeniny i tyminy, ze wzgledu na podwojne wiazanie AiT, (poniewaz w GiC sa potrojne wiazania)

w komorkach prokariotycznych gdzie genom to kulisty chromosom miejsce ori jest zgrubione, a nastepnie tworza sie widelki replikacyjne rozchodzace sie na lewo i prawo

REPLIKON - obszar ktory obejmuje miejce ori z przylegajacymi sekwencjami

w komorkach eukariotycznych w ktorych czasteczka chromosomowa jest liniona, jest wiele miejsc ori, w k. euk. sama synteza zachodzi wolniej, ale dzieki temu ze tych miejsc ori jest wiecej, w tym miejscu tworzy sie oczko replikacyjne, gdzie po obu stronach tego oczka tworza sie widelki replikacyjne, rozchodzace sie w przeciwnych kierunkach

Rozpoczecie replikacji wiaze sie z rozplataniem, rozdzieleniem podwojnej nici dna na pojedyncze nici, odseparowane, w rozplatywaniu nici bierze udzial enzym helikaza aby stabilizowac odseparowane nici dziala wtedy bialko SSB, pojedyncze nici beda stanowic matryce do dalszej replikacji, polimerazy beda dolaczac nukleotydy i beda brac udzial w syntezie nici potomnej, jednakze zanim to nastapi musza powstac startery czyli krotnie odcznki RNA majace komplementarne ulozenie do nici matrycy syntezy DNA

INICJACJA:

-zachodzi w scisle okreslonych miejscach (ori)

- przylaczenie starterow do odpowiednich sekwencji inicjatorowych-

- rozplecenie podwojnej nici DNA i powstanie widelek replikacyjnych (enzym hemikaza)

- białka SSB stabilizuja rejony jednoniciowe

- synteza starterowych odcinkow RNA(

ELONGACJA

prymaza -> starter -> przylaczenie nukleotydow do konca 3' starerowego RNA

substraty do wbudowywania pojedynczych nukleotydow -monofosforanow - dATP, dGTP, dCTP , dTTP (d-deoksy)

Polimeraza DNA

synteza nowego lancucha DNA -> startery - synteza fragmentow -> okazała polimeraza DNA alfa

nic wiodaca - to nic na ktorej synteza przebiega w sposob ciagly, nic syntetyzowana na matrycy z orientacja 5'-3'

nic opozniona - o orientacji 3'-5', jest syntetyzowana w postaci fragmentow Okazaki

ELONGACJA:

-synteza nowych potomnych lancuchow DNA (polimerazy DNA)

- synteza kazej nici zachodzi zawsze w kierunku 5'-3'

- ciagla synteza - nici wiodacej, nic opozniona syntetyzowana jest w formie fragmentow (frag. Okazaki)

- wyciecie starterowych odcinkow RNA (rybonukleazy)

- laczenie frag Okazaki (ligazy)

POLIMERAZA DNA FUNKCJA

BAKTERYJNA

polimeraza DNA I replikacja i naprawa DNA

polimeraza DNA II naprawa DNA

EUKARIOTYCZNE

alfa.......................................................................................................synteza nici opoznionej

beta......................................................................................................glowny enzym naprawczy

gamma..................................................................................................replikacja mitochondrialnego DNA

delta......................................................................................................synteza nici wiodacej

epsylion.................................................................................................naprawa DNA

TERMINACJA - zakonczenie

w komrkach prokariotycznych istnieje specjalny mechanizm zatrzymujacy - na przeciwko miejsca ori znajduje sie miejsce terminacji (bialko terminacyjne)

natomiast w komorkach eukariotycznych zatrzymanie tego procesu nastepuje w sposob

ENZYMY UCZESTNICZACE W REPLIKACJI

enzym funkcje

helikaza DNA rozwiniecie lancucha DNA

prymaza DNA (polimeraza RNA) syneza startrowych RNA

polimerazy DNA synteza nowych nici DNA (5'-3')

naprawa DNA (3'-5'(aktywnosc nukleazowa), 5'-3')

rybonukleaza usuniecie starterowego RNA

ligaza DNA laczenie frag Okazaki

KOMORKI EUKARIOTYCZNE KOMORKI PROKARIOTYCZNE

- wiele replikonow w kazdych chromosomie 1 replikon obejmujacy caly chromosom

- 2 odrebne polimerazy katalizuja synteze noco wiodacej i opoznionej pojedyncza polimeraza katalizujaca nici wiodace jak i opozniona

- wiedelki replikacjne przesuwaja sie okolo 10xwolniej widelki replikacyjne przesuwaja sie 10xszybciej

- zakonczenie replikacji poprzez zekniecie sie widelek replikacyjnych miejsce zakonczenia replikacji zdefiniowane przez specyficzne sekwecje w ktorych widelki replikacyjne ulegaja zatrzymaniu

- replikacja genomu szybsza niz w komorkach prokariotycznych replkacja genomu wolniejsza niz w komorkach eukritycznych

ETaPY 1 cyklu reakcji

1) termiczna denaturacja DNA ok. 95stopni

2)przylaczenie starterow do nici matrycowych (40-60stopni)

3) polimeryzacja DNA (elongacja)w temp. 72st.

13.05.10

TRANSKRYPCJA

proces przepisywania informacji genetycznej zapisanej w sekwencji nukleotydow wchodzacych w sklad dna na sekwencje nukleotydow budujacych czasteczke rna

Proces ten objemuje synteze wszystkich rodzajow RNA,

transkrypcja z DNA na RNA a po transkrypcji natepuje translacja przenoszaca inforamacje na bialka

Proces transkrypcji pod wieloma wzgledami przypomina proces replikacji DNA

- przebiega w kierunku 5'-3'

-3 etapy (inicjacja, elongacja, terminacja) ale polimeraza RNA nie wymaga startera i nie ma aktywnosci nukleazoej

- mechanizm elongacji podobny

-energia wiazan trifosforanow rybonukleozydow (ATP,GTP,CTP,UTP) wykorzystywana do wiazania nukleotydow

Z chemicznego punktu widzenia wszystkie rodzaje RNA sa syntetyzowane w indentyczny sposob.

Roznice dotycza:

-enzymow odpowiedzialnych za ich powstawanie

-mechanizmow odpowiedzialnych za regulacje ich syntezy

-potranskrypcynej obrobki (dojrzewani)

Podstawa procsu transkrypcji jest regula komplementarnosci czyli parowania zasad

Nić antysensowna = matryca wykorzystywana do syntezy RNA, 3'-5', synteza RNA, przz tą nic syntetyzowane RNA utworzy hybrydowa helisę

Nić sensowna = 5'-3', transkrypcja RNA

Transkrypcja komorek prokariotycznych

polimeraza RNA odnajduje PROMOTORA czyli odcinek na DNA ktore informuje od ktorego miejsca bedzie sie rozpoczynal proces transkrypcji, najczesciej tym miejscejest kaseta Pribnowa -jest to zestaw 6 nukleotydow ktore

ATACG

TATGC

sygnał STOP mowi o końcu transkrypcji ktory jest odpowiednia sekwencja nukleotydow, w tym sygnale najczesciej sa to nukleotydy bogate w guanine i cytozyne GC a nastepnie pojawiaja sie adenina i tymina AT, powstaje nam produkt RNA ktore okreslane jest jako pierwotne RNA, czli preRNA.

RNA po przepisaniu

ATACG - nić sensowna

TATGC - matryca DNA

AUACG - produkt transkrypcji, pierwotne RNA

TRANSKRYPCJA w komorkach eukariotycznych

czynniki transkrypcyjne

promotor ->nić sensowna

ATACG

TATGC

-> matryca = nic niesensowna

produkt transkrypchii

RNA AUACG ....... AAUAAA

AUUAAA zatrzymanie transkrypcji

zatrzymanie powoduje syntetyzowane RNA

3polimerazy RNA - I,II,III

I) bierze udzial w syntezie rybosomalnego RNA

II) synteza mRNA

III) synteza tRNA

Polimerazy RNA

-komorki prokariotyczne dysponuja jednym typem polimerazy RNA

-komorki ukariotyczne

Polimeraza RNA I odpowiedzialna za synteze rRNA

polmeraza RNA II odpowiedzialna za synteze mRNA

polimeraza RNA III odpowiedzialna za synteze tRNA

Produkty transkrypcji (pre-RNA) prowadzone przez wszystkie 3 eukariotyczne polimerazy RNA podlegaja reakcjom dojrzewania

dojrzewanie pre-mRNA

końce 5' i 3' ulegaja modyfikacjom

5' 3'

G-PPP AAAAA

-> sekwencja kodujaca ->

CH3 białko sekwencja niekodujaca

Kap5' (czapeczka5')

Proces SPLICINGu czyli skladanie genu

intron - niekodujace

egzon - kodujace odcinki DNA

transkrybowane egzony i introny

odcinki niekodujace w czasie dojrzewania zostaja odcinane przez enzymy proteinowo-rybonukleinowe, egzony wtedy zostaja polaczone i powstaje dojrzaly mRNA, ktory jest znacznie krotszy od pre-RNA i DNA (mRNA koduje jeden rodzaj bialka w eukariotach)

Dojrzewanie pre-mRNA

- do konca 5' pre-RNA przylaczana jest struktura kap

- do konca 3' pre-rna przylaczane sa nukleotydy adeninowe okreslane jako Poli A

- proces splicingu skladanie genu

POWSTALY mRNA JEST TRANSPORTOWANY Z JADRA DO CYTOPLAZMY GDZIE ULEGA TRANSLACJI DO BIALKA

pIERWOTNY TRANSKRYPT PRE-MRNA K.PROKARIOTYCZNEJ

jest gotowy do nasepnego etapu jakim jest translacja

5' (nukleotydy od ktorych rozpoczynala sie i konczyla transkrypcja) 3'

sekwencje kodujace, sekwencje niekodujace

bialka

komorki eukariotyczne komorki prokariotyczne

zachodzi w jadrze komorkowym zachodzi w obrebie nukleoidu

polimeraza RNA - I II III jedne typ polimerazy RNA

polimeraza rna wspoldzialaja z czynnikami transkrypcyjnymi (bialka) polimeraza rna nie wymaga dodatkowych bialek

koniec transkrypcji w miejscach przypadkowych koniec transkrypcji po osiagnieciu przez kompleks transkrypcyjny polimeraza rna

sekwencje AAUAAA lub AUUAAA w rna wyznaczaja koniec matrycowe dna i powstajacy rna - sygnal terminacji STOP

transkrypcji

pre-mRNA, tRNA, rRNA -> dojrzewanie pre-rrna,trna ->dojrzewanie

m-rna ->translacja mra (nie podlega procesom dojrzewania) -> translacja

PRZYKLAD: komplementarnosc

5' CCGTTAGC - 3' od 5'-3'

a przepisujemy od 3'-5'

5 'GCTAAGCG 3'

KOD GENETYCZNY

podstawowa jednostka kodu genetycznego jest kodon czyli triplet ktory jest trojkowy - oznacza to ze trzy kolejne nukleotydy w mRNA okreslaja nam na dany aminokwas czyli np ACC(aminokwas)GGU

zestaw trzech kolejnych nukleotydow w mrna okresla pozycje danego aminokwasu w lancuchu polipeptydowym

kod genetyczny - uklad kodonow czyli trzech kolejnych nukleotydow (tripletow) mRNA ktore wyznaczaja nam pozycje aminokwasow w polipeptydowym lancuchu bialek

tylko 2 aminokwasy sa kodowane przez jeden kodon!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! a mianowicie metiolina ktora jest kodowana przez AUG-to jest odczywywanie kodonu w procesie translacji ktry jako pierwszy jest tlumaczony w syntezie biale, inicjuje on synteze bialka, drugim aminokwasem jest tryptofag ktory kodowany jest przez jeden triplet

jest okreslany jako zdegenerowany, kod genetyczny jest jednoznaczny co oonzacza ze jeden kodon koduje nam scisle okreslony aminokwas

20.05 17 czerwiec egzamin, 10 zerowka

kod jest jednoznaczny

kod genetyzny jest niezachodzacy

kodony synonimowe - trojki kodonow kodujace te same aminokwasy

leucyna - CUU, CUC, CUA, CUG - przyklad kodonow synonimowych

Cechy kodu genetycznego:

- trojkowy - 3 nukleotydy koduja 1 aminokwas

- jednosznaczny - 1 kodon koduje zawsze 1 aminokwas

- zdegenerowany - miejsce 1 aminokwasy moze byc wyznaczone przez > niz 1 kodon

- wspolliniowy - kolejnosc kodonow w mRNA odpowiada kolejnosci wbudowanych aminokwasow

- niezachodzacy - kolejne triplety polozone obok nie zachodza na siebie

- bezprzecinkowy - bezprzystankowy, odczytywany w sposob ciagly

- prawie uniwersalny

ODSTEPSTWA OD UNIWERSALNOSCI KODU GENETYCZNEGO

KODON KOD UNIWERSALNY ALTERNATYWNE WYSTEPOWANIE

AGA Arg Stop, Ser niektore zweirzece mitochondria

AUU Ile Start niektore prokarioty

UGA Stop Trp mitochondria czlowieka

TRANSLACJA - synteza bialka

proces polegajacy na przetlumaczeniu informacji zapisanej w mRNA w formie sekwencji nukleotydowej na sekwencje aminokwasowa bialek

w ogolnym zakresie zachodzi w ten sam sposob we wszystkich organizmach co swiadczy ze proces ten pojawil sie na bardzo wczesnych etapach ewolucji

tRNA sa czasteczkami oddzialujacymi ze swoitymi kodobami i dostarczaja aminokwasy w celu ich wlaczenia do lancucha polipeptydowego

amiloacyno-tRNA to miejsce przylaczenia sie aminokwasu na 3'

Budowa ryosomu

podjednostka wieksza 60S (50S)

podjednostka mniejsza 40S(30S)

miejsce wiazania mRNA

A-dla aminoacylo-tRNA

P-dla peptydylo-tRNA

E-wyjśćie (eit)

Etapy translacji:

etap 1 - aktywacja aminokwasu

-utworzenie aminoacylo-tRNA

etap 2 - synteza lancucha polipeptydowego na rybosomie

-inicjacja

-elongacja

-terminacja

sumaryczna reakcja etapu 1

A+ATP+tRNA ->synteza aminoacylo-tRNA -> A-tRNA+AMP+PPi

A-tRNA - aminoacylo-tRNA

3 czynniki inicjujace - IF1, IF2, IF3 w prokariotach

mRNA komorek prkariotycznych

sekwencja Shine-Dalgarno (bogata w puryny)

miejsce wazania rybosomu AUG

bogate w puryny sa to sekwencje start

transformowy tRNAi inicjatorowy - przenosi 1 aminokwas - formylometionyla

ELONGACJA

czynniki elongacyjne dostraczaja aminoacylo-tRNA do rybosomow

-wiazanie aminoacylo-tRNA w rybosomie (miejsce A)

-tworzenie wiazania peptydowego katalizowane przez peptydylotransferaze

-translokacja dipeptydylo-tRNA na rybosomie z miejsca A do miejsca P rybosomu

czynniki elongacji-translokacyjne wykorzystuja energie pochodzaca z hydrolizy GTP do translokacji dipeptydylo-tRNA z miejsca A -> P

terminacja - kodony stop rozpoznawane sa bialkowe czynniki terminacji czyniki uwalniajace RF

-kodujacy stop UAA,UAG lub UGA

CZYNNIKI TERMINACJI

koncza synteze bialka odczytujaca kodony stop

KOMORKI RODZAJ CZYNNIKA FUNKCJE

PROKARIOTYCZNE RF-1 ROZPOZNANIE UAA I UAG

RF-2 ROZPOZNAJE UGA

RF-3 STYMULUJE DZIALANIE RF-1 I RF-2 ORAZ WIAZE GTP

EUKARIOTYCZNE eRF WSZYSTKIE FUNKCJE JAKIE SPELNIAJA CZYNNIKI TEMINACJI KOMOREK PROKARIOTYCZNYCH

makroczasteczki uczestnicze w translacji

RODZAJ MAKROCZASTECZKI FUNKCJE

SYNTEZA AMINOACYLO-tRNA warunkuje przebieg 1 etapu translacji zwiazanego z aktywnoscia aminokwasu

AMINOACYLO-tRNA aktywny aminokwas - bierze udzial w syntezie polipeptydu

BIALKA RYBOSOMOWE udzial w wiazaniu mRNA i wiazaniu tRNA

rRNA wchodza w interakcje z mRNA i oddzialywuja z aminoacylo-tRNA i peptydylo-tRNA

mRNA trojki rybokukleotydow kodony sygnalizuja gdzie rozpoczac i gdzie zakonczyc synteze bialka

tRNA rozpoznaje aminokwas i odpowiadajacy mu kodon na mRNA oraz przenosza zwiazany enzymatycznie odpowiedni aminokwas do lancucha polipeptydowego tworzacego sie na rybosomie

CZYNNIKI INICJACJI (IF) biora dzial w tworzeniu kompleksu inicjujacego translacje

CZYNNIKI ELONGACJI (EF) KATALIZUJA FAZE ELONGACJI - TRANSLOKACJE

CZYNNIKI TERMINACJI (RF) rozpoznanie kodonu STOP

PEPTYDYLOTRANSFERAZA katalizuja tworzenie wiazan peptydowych pomiedzy aminokwasami znajdujacymi sie w lancuchu

KOMORKI EUKARIOTYCZNE KOMORKI PROKARIOTYCZNE

- rybosom 80S (60 i 40S) - rybosom 70S (50 i 30)

- czynniki inicjujace ID ~20 - czynniki inicjujace IF 3

- brak sekwencji Shine-Dalgarno, inicjacja translacji rozpoczyna sie od - kompleks inicjujacy skladany bezposrednio przed kodonem inicjujacym S-Dlgarno

przylaczenia kompleksu do konca 5' mRNA

- 1 miejsce inicjacji syntezy bialka - wiele miejsc inicjacji syntezy bialka

- sygnal startu-wylacznie kodonu AUG - sygnalem startu moga byc 3kodony - AUG,GUG i UUG

- inicjatorowy tRNA przenosi metionine - iniocjatorowy tRNA przenosi N-formylometionine

- 1 czynnik uwalniajacy (eRF) - 3 czyniki uwalaniajace RF1, RF2 i RF3

mechanizmy obrobki potranslacyjnej

1. faldowanie sie bialka

2. proteolityczne rozszczepienie bialka

-usuwanie krotkich fragm polipetydowych z konca N lub C

- ciecie poliprotein

3. modyfikacje chemiczne (acylacja, glikolizacja)

4. wycinanie intein

27.05.10

spontanicznemu falkdowaniu moze podlegac rybonukleaza ktora sklada sie ze 124 aminokwasow

melityna

hormony peptydowe podlegaja procesowi gdzie sa syntetyzowane w postaci poliprotein i rozcinane po czym staja sie aktywnymi bialkami

3. w modyfikacjach chemicznych najprostrza jest przylaczanie okreslnaych grup chemicznych ktore dopiero okreslaja charakter bialek, po czym moga one wykazywac wlasciwosci unikatowych

4. inteina krotki fragment bialke wewnatrz lancucha polipeptydowego ,przypomina wycinanie intronow podczas transkrypcji

SYGNALIZACJA KOMORKOWA

dzieki temu komorki komunkuja sie ze soba wysylajac lub odbierajac sygnaly dowodzace odpowiednimi funkcjami komorek, sa to substancje chemiczne - czasteczki sygnalowe. odbior takich czasteczek i informacji niesianych przez nie odbywa sie poprzez specyficzne receptory dla danej czasteczki sygnalowej

formy ygnalizacji komorkowej - w zaleznosci od odleglosci na jaka dziala taka czasteczka sygnalowa - istnieja odmienne typy sygnalizacji komorkowej

-autokrynna

-parakrynna

-endokrynna

-nerwowa = neuronalna

sygnalizacja autokrynna:

komorka reaguje na czasteczke sygnalowa ktora wytwarza dane czasdteczki sygnalowe. docelowe wystepuja na tej samej komorce, przykladem takiej czasteczki sygnalowej jest NO. czasteczki sygnalowe nie sa przenoszone z komorki na komorke ale dane czasteczki sygnalowe sa przekazywane.

reakcja zwrotna to odpowiedz na czasteczki sygnalowe. NO jest wytwarzane endogennie z argininy. tlenek azotu jest odpowiedzialny za regulacje cisnienia tetniczego bowiem bierze udzial w mechanizmach rozluznienia miesni gladkich wyscielajacych naczynia i miesnie gladkie. jest bardzo reaktywna czasteczka. mimo swoich pozytywnyc funkcji to nadmiar lub niekontrolowane dzialanie czasteczki moze miec powazne nastepstwa, poniewaz wyklazuje powinowactwo do wielu bialek, w ktorych grupa prostetyczna jest grupa hemowa np. cytochromy - moze powodowac uszkodzenie wielu struktur komorkowych.

sygnalizacja parakrynna:

czasteczki sygnalowe przemieszczaja sie na krotkich dystansach - dzialaja na komorki w bliskim otoczeniu. takie czasdteczki sygn nigdy nie sa przenoszone przez krew. okreslane sa jako lokalne mediatory, np. histamina ktora jest amia biogenna, wytwarzana z kwasow tluszczowych nienasyconych czyli kwasu arachidynowego, kwas ktory zawiera 4 wiazania podwojne, i w wyniku dekarboksylacji powstaje nam amina biogenna. histamina jest uwazana za mediator stanow zapalnych.

sygnalizacja endokrynna:

czateczka sygn dziala na komorki docelowe umieszczone daleko od syntetyzujacych te czasteczki komorek organu endykrynnego.

zwierzeta - krew

rosliny - wiazki przeowdzace

tylko w komorce gdzie wystepuja receptory bedzie odpowiedio reagowac na czasteczki sygnalowe - sa to hormony

sygnalizacja neuronowa:

sygnalizacja bardzo szybka, na dalekie odleglosci, przez neuron, produkt uwalniany do krwi

klasyfikacja czasteczek sygnalowych:

1. lipofilowe

-o receptorach wewnatrzkomorkowych

hormony steroidowe -plciowe (estradiol, progesteron, testosteron), tyroksyna-stymuluje procesy metaboliczne

- o receptorach na pow. komorki (blonowe)

prostaglandyny

2. hydrofilowe

-o receptorach na pow. komorki (blone)

aminy biogenne (histamina)

hormony peptydowe ( insulina, glukagon)

receptory komorkowe

wyspecjalizowane struktury bialkowe zdolne do odbioru przeksztalcania i przekazania do roznych elementow efektorowych komorki informacji ze srodowiska zewnetrznego

odbior informacji niesionej przez czasteczki sygnalowe odbywa sie poprzez ich przylaczenie do swoistych receptorow

czasteczki laczace sie z receptorami LIGANDY

receptor -> domena akceptorowa (wiaze sie czasteczka sygnalowa) -> domena efektorowa (generuje sygnal)

podzial receptorow ze wzg na lokalizacj

1. receptory blonowe

- zwiazane zkanalami jonowymi = jonotropowe

- wspolpracujace z bialkami G (wiaza sie z nukleotydami GTP i GD - guanozynotrifosforanem lub di)= metabotropowe

- zwiazane z aktywnosci enzymatyczna = katalityczne

2. receptory wewnatrzkmorkowe

RECEPTORY JONOTROPWE - sa sprzezone z kanalami jonowymi, wystepujacymi w blonach - najprostrzy sposob modelu ukladu sygnalizacyjnego

receptory stanowia integralna czesc kanalu jonowego dla neuroprzekaznikow np. acetylocholiny-pobudza wydzielanie gruczolow trawiennych, zwalnia czynnosc serca, zmniejsza cisnienie krwi- glownie dla neuroprzekaznikow ten rodzaj receptorow

RECEPTORY METABOTROPOWE - wspolpracuja z bialkami G (wiaza GTP i GDP) i tak wlasnie dziala adrenalina i glukagon

dzialanie bialka G w stanie nieczynnym sklada sie z 3 podjednostek - alfa, beta i gamma

wtorne przekazniki - powstaja cyklaza adenylanowa

RECEPTOR KATALITYCZNY o wlasciwosci enzymatycznej

ligandami - czasteczkami sygnalowymi - to sa czynniki wzrostu, moze byc rowniez insulina - receptory insulinowe wystepuja we wszystkch komorkach ssakow, bardzo obficie w komorkach watroby

receptor insulinowy sklada sie z dwoch podjednostek alfa do ktorych przylaczana jest insulina - i z dwoch podjednostek beta ktore znajduja sie w cytozolu i to jest zw domena cytolozowa - maja one aktywnosc katalityczna, w przypadku tego receptora jest to aktywnosc kinazy tyrozynowej. przylaczenie insuliny stymuluje autofosforylacje podjedn beta, donorem fosforanow jest ATP

ufosforylowany receptor ->rozpznawany->bialka efektorowe->sygnal do wnetrza komorki

RECEPTORY WEWNATRZKOMORKOWE - receptory dla hormonow niskoczasteczkowych hydrofobowych ktore transportowane sa w polaczeniu z bialkami wiazacymi wystepujacymi w osoczu krwi, receptory hormownow steroidowych, glukoktykoidow (kortyzol), mineralokortykoidow(aldosteron-reguluje gospodarke mineralna i wodna)

odbior sygnalu przez komorke - receptory zwiazane z genomowymi efektami dzialania

1. zasteczka sygnalowa ->receptor->jadro kom->DNA->transkrypcja mRNA

2. czasteczka sygnalowa->wtorne przekazniki inf. DAG, cAMP, CA++ ->aktywuja procesy metaboliczne ->głownie poprzez<-stymulacja kaskady reakcji chemicznej

HORMONY ROSLINNE - uczestnicza w kntroli procesow fizjologicznych poprzez regulacje iosyntezy roznych enzymow

- auksyny - pochodne tryptofanu

- gibereliny - pochodne lipidow

- cytokininy - pochodne adeniny

hormony zwierzat bezkregowych - dzialaja glownie poprzez wplyw na biosynteze enzymow

- hormony linienia skorupiakow owdow - steroidy

- hormon juwenilny - pochodne nienasyconych kw. tluszcz. - fazy zwierzat

- hormony hamujace procesy linienia skorupiakow - polipeptydy

HORMON MIEJSCE POWSTANIA CHARAKTER CHEMICZNY DZIALANIE

ADRENALINA nadnercza pochodna aminokwasu tyrozyny metaboliczne-aktywuje rozpad glikogenu

KORTYZOL nadnercza steroid wplywa na bilans glukozy na metabolizm bialek

GLUKAGON trzustka polipeptyd stymuluje rozklad glikogenu hamuje synteze kw. tluszcz

INSULINA trzustka polipeptyd regulator metablizmy substratow energetycznych

TYROKSYNA tarczyca pochodna aminokwasu tyrozyny stymulacja metabolizmu

funkcja polimerazy DNA w procesie replikacji jest?

a)usuniecie starterowego rna

b)synteza nowych nici dna

c)rozwiniecie lancucha dna

d)polaczeni nowych syntetyzowanych nici dna

rodz.

kodony synonimowe to trojki nukleotydow

w czast laktozy wiazanie beta 1-4 glikozydowe laczy

2 czast gluk

charakterystka mechanizmy transportowe przez blone biologiczna

cykl krebsa

tylko war tlenowe, doplyw nadu i fadu

16



Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
biochemia ściąga, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
ŚCIAGA meteorologia WYKŁAD, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
ściąga gleboznastwo, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
Bryza, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
prawo testy, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
Energetyka sŁoneczna na swiecie, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
WSKAŹNIKI EKOROZWOJU, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
Energetyka wiatrowa na swiecie, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
Rodzaje spółek i ich krótka klasyfikacja, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
biogaz ost 17 01 2010, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
biogaz 2010, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
Biogaz 11 12 2008, STUDIA, ODNAWIALNE ŹRÓDŁA ENERGII, OCHRONA ŚRODOWISKA
sciaga (2), Studia Wnig Gig, semestr 2, ochrona środowiska, OŚ wykłady
pytania na kolokwium ochrona z wykladow - Kopia, studia-biologia, Licencjat, sem 5-6, ochrona środow
Odnawialne źródła energii a bezrobocie, Studia, ekologia
ALTERNATYWNE ŻRÓDŁA ENERGII sciąga, Szkoła, Alternatywne i odnawialne źródła energii
Odnawialne źródła energii, edukacja, wykłady i notatki, eko info
2. Odnawialne Zrodla Energii, Studia, Polibuda Politechnika Warszawska, chemia środowiska

więcej podobnych podstron