Objawy NEC są niecharakterystyczne i mogą być bardzo zróżnicowane, począwszy od zaburzeń pasażu jelitowego, poprzez stan zapalny jelit, mogący prowadzić do ich perforacji i wstrząsu.
Objawem patognomicznym dla NEC we wczesnej fazie choroby jest obecność gazu w ścianie jelita (pneumatosis intestinalis) lub w układzie żyły wrotnej.