BA RE CW01 ds1 cw0p0175 1
Materiały uzupełniające do skryptu Metody molekularne w diagnostyce mikrobiologicznej na zajęcia z mikrobiologii III roku Wydziału Farmaceutycznego
WUM dr Renata Wolinowska
Metoda rybotypowania w diagnostyce mikrobiologicznej
Przy opracowywaniu techniki wykorzystującej analizę kwasów nukleinowych, która mogłaby służyć do różnicowania wielu, a w wersji idealnej wszystkich drobnoustrojów, należałoby znaleźć fragment genomu, który posiada następujące właściwości:
- występuje u wszystkich drobnoustrojów,
- posiada obszary bardzo silnie konserwowane ewolucyjnie, co umożliwia opracowanie uniwersalnych narzędzi diagnostycznych,
- posiada obszary zmienne, pozwalające na różnicowanie w obrębie poszczególnych jednostek taksonomicznych (rodzaje, gatunki, szczepy),
- nie jest przekazywany pomiędzy komórkami drobnoustrojów przez transfer horyzontalny. Wymogi takie spełnia rDNA, obszar kodujący rybosomalny RNA; analiza tego obszaru to rybotypowanie. Rybotypowanie jest techniką opartą na RFLP - analizie polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych, jest to najpowszechniej wykorzystywany wariant RFLP. Rybotypowanie to ważna, bardzo użyteczna i często stosowana technika, toteż powstało wiele jej wariantów, najważniejsze z nich opisano poniżej.
Rybosomalny RNA pełni kluczową rolę w procesie biosyntezy białek, jest więc bardzo silnie konserwowany ewolucyjnie. U bakterii wyróżnia się 3 rodzaje rRNA - 16S rRNA, 23 S rRNA, i 5S rRNA - kodowane są one przez geny rrs, rrl i rrf których wielkość wynosi odpowiednio 1522, 2971 i 120 pz. Geny te tworzą operon rrn (Rys. 1). W genomach różnych gatunków bakterii występuje różna liczba kopii operonu rrn, od 1 do 15, u E. coli występuje ich 7. Liczba kopii, całkowita wielkość operonu i sekwencja nukleotydowa genów wchodzących w jego skład są wysoko konserwatywne u poszczególnych gatunków bakterii. Obszary rozdzielające geny nie są tak silnie konserwowane. Zmienna jest liczba genów kodujących tRNA, które są tam zlokalizowane, oraz sekwencja nukleotydowa obszarów je rozdzielających. Do analiz pokrewieństwa szczepów szczególnie często wykorzystywany jest fragment
1
Wyszukiwarka
Podobne podstrony:
BA RE CW01 ds1 cw0p0175 4 staje użyty do hybrydyzacji, jako sondę najczęściej stosuje się znakowany
BA RE CW01 ds1 cw0p0123 1 1. Wymienić wskazania do stosowania glikozydów nasercow
BA RE CW01 ds1 cw0p0175 4 staje użyty do hybrydyzacji, jako sondę najczęściej stosuje się znakowany
BA RE CW01 ds1 cw0p0175 6 Do celów badawczych prowadzi się bardzo szerokie prace, mające na celu oz
BA RE CW01 ds1 cw0p0123 2 1. Wskaż właściwy szereg związków od najsłabiej wchłani
BA RE CW01 ds1 cw0p0175 6 Do celów badawczych prowadzi się bardzo szerokie prace, mające na celu oz
BA RE CW01 ds1 cw0p0175 3 szaro w, określa się je jako „regiony hyperzmienne” (Vl-V9). Zmienne sekw
BA RE CW01 ds1 cw0p0175 7 PcęRl fcoRI Żca W 34,609 11,253 6,674 5,458 5,027 4,717 3,690 and 3 JOT 3
BA RE CW01 ds1 cw0p0175 8 kolonie analizowanych izolatów genomowe DNA amplifikacja
BA RE CW01 ds1 cw0p0175 2 rozdzielający geny rrs i rrl, oznaczany jako obszar polimorficzny lub ISR
BA RE CW01 ds1 cw0p0175 5 Produkty amplifikacji są rozdzielane elektroforetycznie i analizowane. W
więcej podobnych podstron