Porównanie DNA roś i zwierz (3)

współczynnika ekstynkcji zależy od składu zasad azotowych w DNA. Stosunek A260/A280 jest natomiast często stosowna miarą czystości roztworu DNA, a ściślej miarą zanieczyszczenia DNA białkami (maksimum absorpcji UV dla białek wynosi 280 nm). Ogólnie preparat DNA uznaje się za czysty jeżeli A260/A280 wynosi 1,8-2,0. Jeżeli próbka DNA zanieczyszczona jest RNA to wartość A260/A280 jest bliższa 2,0, natomiast jeżeli próbka zanieczyszczona jest białkami to wartość A260/A280 jest niższa niż 1,8. Absorpcja mierzona przy długości fali 230 odzwierciedla zanieczyszczenia pochodzące od węglowodorów, białek lub fenolu. W przypadku czystych próbek wartość A260/A230 powinna wynosić 2,2. Absorpcja mierzona przy długości fali 325 nm może być wyznacznikiem wytrąceń w roztworze lub zanieczyszczeń samej kuwety.

4.    MAGNETYCZNY REZONANS JĄDROWY

Magnetyczny rezonans jądrowy ma zastosowanie w badaniach struktury Z-DNA, obszarów przejść B—>Z-DNA oraz dynamiki tych przejść. NMR stosowany jest także w badaniach nad oddziaływaniem DNA z różnymi Ugandami np. w badaniach nad oddziaływaniem m.in. leków przeciwnowotworowych z DNA.

5.    SPEKTROSKOPIA PROMIENIOWANIA RENTGENOWSKIEGO

Spektroskopia promieniowania rentgenowskiego stosowana jest w badaniach krystalograficznych struktury DNA, w szczegółową charakterystykę w tym błędnie tworzone pary zasad czy zasady pozahelikalne. Za pomocą tej metody można także badać kompleksy DNA z różnymi związkami jak substancje przeciwnowotworowe i antybiotyki.

6.    SPEKTROSOKOPIA RAMANA

Spektroskopia Ramana opisuje rotacyjne i oscylacyjne widma cząsteczek. Pozwala ona na poznanie struktury pojedynczych grup atomów w układach biologicznych, a także pozwala na uzyskanie informacji o szybkich zmianach strukturalnych zachodzących w cząsteczkach biologicznych. W klasycznej metodzie Ramana do wzbudzenia stosowany jest laser argonowy, gdzie DNA można badać w roztworze, w formie odwodnionego włókna lub postaci krystalicznej.

7.    SPEKTROSKOPIA W PODCZERWIENI

Spektroskopia w podczerwieni była jednym z klasycznych narzędzi w badaniach nad strukturą i oddziaływaniem małych cząsteczek takich jak jony metali czy leki łączące się z DNA poprzez interkalację.

8.    SPEKTROSKOPIA FLUORESCENCYJNA

DNA nie wykazuje mierzalnej fluorescencji wewnętrznej z wyjątkiem niskich temperatur. Z DNA wiążą się natomiast znaczniki intekalatorowe jak EtBr czy barwniki akrydynowe, które fluorescencję wykazują. Jednak mają one tę wadę, że wiążą się z DNA niespecyficznie wzdłuż całej długości helisy. W przeciwieństwie do DNA fluorescencję wykazują białka, których fluorescencja w wielu przypadkach nie zmienia się po związaniu z DNA.

9. DICHROIZM KOŁOWY (CD)