Na skutek działalności mikroorganizmów znacznie różnicują się warunki fizyczne w całej masie substratu. Zmniejsza się dostęp tlenu do warstw wewnętrznych.
Stos kompostowy przygotowany do fermentacji biologicznej Objawem zewnętrznym jest osiadanie stosu. Następuje to po upływie 34 dni i jest to zn3k, że koniecznie należy przerobić pryzmę. Przerabiając stos można przystąpić do układania drugiej pryzmy fermentacyjnej. W tym celu nawóz z boków pierwszej pryzmy należy włożyć do środka pryzmy nowo formowanej; jej środek stanowić będzie bok nowej pryzmy. Szerokość i wysokość nowej pryzmy zmniejszy się, ponieważ ubędzie materiału na skutek biologicznego rozkładu. Formowanie nowej pryzmy powinno odbywać się j3k najszybciej. Jeśli jest zbyt duż3 wilgotność, substrat w czasie przerabiania silnie roztrząsamy.
Po upływie 12 godzin od ułożenia nowej pryzmy w środku stosu temperatura powinna wzrosnąć do 7580°C. Przez kolejne trzy dni wewnątrz stosu będzie się utrzymywać wysoka temperatura. Po trzech dobach należy ponownie przerobić pryzmę. Trzeba tego dokonać w sposób opisany wyżej. Nowy stos jest jeszcze mniejszy. Po upływie 2 do 3 dni przerabiamy substrat po raz ostatni. W czasie przerabiania dodajemy wody, jeżeli stos był za suchy w pierwszym okresie. Wilgotność substratu powinna wynosić 7273%. Po czwartym przerobieniu podłoża stos kompostowy pozostawiamy co najmniej na dobę; po upływie tego czasu nadaje się on do dalszego przygotowania do uprawy pieczarki.