23 3

Ligacja - łączenie dwóch fragmentów DNA za pomocą enzymu ligazy. Ligaza łączy rozdzielone fragmenty, powodując ostateczne uformowanie nici komplementarnej, zbudowanej na matrycy opóźnionej

Starter - krótki oligonukieotyd RNA, który przyłącza się do jednoniciowego DNA, aby umożliwić początek syntezy drugiej nici

Prymaza syntezuje startery o sekwencji 5’ - A-G - 3’. Gdy tylko starter zostanie skompletowany, dalszą syntezę łańcucha przejmuje polimeraza III DNA - u prokariontów. U eukariontów aktywność prymazy jest integralną częścią polimerazy DNA a i współdziała z tym enzymem podczas syntezy pierwszych nukleotydów, a dalszą syntezę startera podejmuje polimeraza a, która wydłuża go o kolejny 20 - nukleotydowy odcinek DNA.

Synteza startera na nici prowadzącej musi zajść tylko jeden raz w obrębie obszaru inicjatorowego, gdyż raz rozpoczęta replikacja może być nieprzerwanie kontynuowana aż do końca matrycy. Na nici opóźnionej synteza starterów musi być procesem powtarzającym się przy każdej inicjacji nowego fragmentu Okazaki.

c)    fragmenty Okazaki w organizmach prokariotycznych i eukariotycznych

Fragment Okazaki - jeden z krótkich fragmentów DNA zaczynających się od RNA, syntezowanych w czasie replikacji opóźnionej nici podwójnej helisy.

Bakteryjne fragmenty Okazaki mają długość od 1000 do 2000 nukleotydów, natomiast w komórkach eukariotycznych fragmenty są dużo krótsze i nie przekraczają zwykle wielkością 200 nukleotydów - wskazuje na fakt, że każda runda nieciągłej syntezy DNA odpowiada replikacji fragmentu DNA obejmującego pojedynczy nukleosom. Synteza starterów musi się więc powtarzać z dużo większą częstotliwością.

Startery nie mogą zostać usunięte przez polimerazę DNA III, gdyż nie posiada ona aktywności egzonukleolitycznej 5'->3’. Jej miejsce zajmuje polimeraza DNA I, gdyż usuwa starterowe sekwencje i przy okazji pierwsze deoksyrybonukleotydy fragmentu Okazaki podczas uzupełniającej syntezy brakującego odcinka DNA. Teraz sąsiadujące fragmenty Okazaki są całkowicie zbudowane z DNA.

d)    Miejsce ori

Ori (origin) - sekwencje miejsca startu replikacji. Kolisty genom bakteryjny zawiera tylko jedno miejsce inicjacji replikacji, co oznacza, że wiele tysięcy par zasad wchodzących w skład cząsteczki DNA jest kopiowane tylko przez jedną parę widełek replikacyjnych. W chromosomach eukariotycznych występuje wiele miejsc inicjacji aktywowanych jednocześnie, co powoduje,że odcinki DNA przypadające na każdą parę widełek replikacyjnych są znacznie krótsze.

Widełki replikacyjne - region, w którym dwuniciowa cząsteczka rozplata się, by umożliwić replikację DNA

Ori u bakterii E.coli ma długość około 245 par zasad. Zawiera on dwa krótkie, powtarzające się, charakterystyczne motywy sekwencyjne: jeden 9 - nukleotydowy, a drugi 13 - nukleotydowy.

23