W okresach cyrkulacji rozmieszczenie bakterii jest najbardziej równomierne w wyniku wymieszania całej masy wody. Jednocześnie, dzięki zwiększeniu się ilości tlenu, dochodzi do znacznego zmniejszenia liczebności beztlenowych bakterii siarkowych. W czasie stagnacji, kiedy wytwarzają się uwarstwienia termiczne i chemiczne, powstają strefy zasiedlane przez odmienne populacje bakterii i glonów.
W wodach powierzchniowych stwierdza się maksima wiosenne, letnie i czasem jesienne występowania mikroorganizmów. Najmniejsze ilości drobnoustrojów występują zimą. Stan liczebny mikroorganizmów jest związany ze zmianami temperatury wody, bakteriobójczymi i bakteriostatyczny-mi substancjami wydzielanymi przez glony, obumieraniem fito- i zooplank-tonu, wyżerowywaniem przez zoooplankton. Zależności te są najbardziej wyraźne w stawach.
W osadach dennych zbiorników wodnych drobnoustroje występują liczniej niż w wodzie. Przyczyną są resztki roślin i zwierząt wodnych osiadające obficie na dnie i tworzące strefę bogatą w substancje pokarmowe. Im więcej substancji organicznej zawierają osady, tym liczniejsza jest ich mikroflora. Tylko niedostatek tlenu zmniejsza nieco obfitość mikroflory osadów i przede wszystkim sprzyja rozwojowi bakterii beztlenowych. W powierzchniowej warstwie osadów dennych występują największe ilości drobnoustrojów (1-2 mld komórek w 1 g ś.m. osadów). W głąb osadów liczba bakterii zmniejsza się gwałtownie i na głębokości 1 m nie przekracza 200-300 mln/g ś.m. osadów. W głębszych warstwach ich liczebność się zmniejsza, ale z reguły nie spada poniżej 100 mln/g ś.m.o. Jednocześnie wzrasta udział komórek martwych.
Skład jakościowy bakterii osadów dennych jest różnorodny i zależy od rodzaju zbiornika. W środowiskach tych występują różne grupy fizjologiczne drobnoustrojów. Są to bakterie: rozkładające błonnik i chitynę (Clostri-dium, Promyxobacterium, Sporocytophaga, Cytophaga, Pseudomonas, Pseu-domonas chitynovorum, Clostridium tertium), utleniające wodór, metan i węglowodory (Metanobacterium, Metanobacillus, Bacterium aliphaticum, Pseudomonas aeruginosa), wiążące azot atmosferyczny (Clostridium pa-steurianum, Azotobacter), bakterie amonifikacyjne i denitryfikacyjne, bakterie gnilne rozkładające białka z uwolnieniem H2S, bakterie redukujące siarczany z uwolnieniem H2S (Vibrio desulfuricans). W osadach dennych spotyka się również: bezbarwne nitkowate bakterie siarkowe (Beggiatoa, Thiotrix), bakterie tionowe, żelaziste i manganowe (Metallogenium persona-tum, Caulococcus manganifera, Siderococcus limeniticus), bakterie rozkładające organiczne i mineralne związki fosforu (Pseudomonas, Mycobacterium,
120