Przejście 2 elektronów z 3 centrów 4Fe-4S do koenzymu Q i redukcja Q (chinonu) do QH 2(chinolu) powoduje pobranie dwóch protonów z matriks:
Matrix
H+ H+ Q
Para elektronów z QH (związanego z białkiem) przechodzi następnie do centrum 2Fe-2S, a protony są uwalniane po stronie cytozolowej. Następnie elektrony te zostają przeniesione do ruchomej puli Q, czyli cząsteczek znajdujących się w rdzeniu błony, co powoduje pobranie dwóch dodatkowych protonów z matriks (w sumie 4 protony!).
Kompleks II ( reduktaza bursztynian - Q) przekazuje elektrony z FADHgktóry powstaje podczas utleniania bursztynianu do fumaranu (cykl kwasu cytr.), do centrów Fe - S a następnie na Q (powstaje QFl,), co nie jest związane z pompowaniem protonów!