W praktyce wielu oczyszczalni do sterowania procesem wykorzystuje się wyłącznie parametry fizykochemiczne. Tymczasem osad czynny to metoda biologiczna, w której proces oczyszczania jest realizowany przez zespół żywych organizmów. Ponieważ na jego skład gatunkowy nie mamy bezpośredniego wpływu, regularna kontrola za pomocą mikroskopu jest niezbędna, chociażby po to, żeby sprawdzić, czy rozwijają się właściwe organizmy. Obserwacja mikroskopowa ma jednak znacznie szersze znaczenie i powinna być prowadzona równolegle do rutynowych analiz fizykochemicznych. Taka niezależna kontrola okazuje się szczególnie przydatna, kiedy funkcjonowanie systemu jest zakłócone. Informacje, których dostarcza analiza mikroskopowa, dotyczą bezpośrednio mikroorganizmów i przez to dają większą szansę na wyjaśnierjie przyczyn kłopotów niż same pomiary fizykochemiczne.
Obserwując osad za pomocą mikroskopu, można otrzymać wyczerpujące informacje na temat funkcjonowania oczyszczalni. Od dawna wiadomo, że rozmiary, stopień skupienia oraz kształt kłaczków osadu są związane z warunkami, w których przebiega proces. Jednocześnie mają podstawowe znaczenie dla właściwości sedymentacyjnych osadu. Obecność specyficznych cząstek (materiałów) w kłaczkach informuje o charakterze dopływającego ścieku i może zwracać uwagę na zmiany w jego składzie. Z kolei zmiany w ilości oraz przestrzennym rozmieszczeniu organizmów nitkowatych informują, o potencjalnym zagrożeniu z powodu puchnięcia osadu. Prowadząc regularne obserwacje, mamy szansę zauważyć wzrost znaczenia organizmów nitkowatych, zanim jeszcze właściwości sedymentacyjne osadu ulegną pogorszeniu. W przypadku puchnięcia postawienie właściwej diagnozy i podjęcie odpowiednich środków zaradczych wymaga zidentyfikowania organizmów nitkowatych. Szczególną rolę w ocenie kondycji osadu i prawidłowości funkcjonowania oczyszczalni zawsze odgrywały pierwotniaki.
Chociaż najważniejszym składnikiem osadu czynnego są bakterie, ich oglądanie pod zwykłym mikroskopem na ogół nie dostarcza zbyt wielu informacji. Poza formami nitkowatymi i nielicznymi innymi kategoriami większość bakterii wygląda bardzo podobnie, nawet jeśli należą do odmiennych grup fizjologicznych. Z pierwotniakami jest zupełnie inaczej. Są bardzo zróżnicowane pod względem rozmiarów, kształtów oraz sposobów poruszania się. Dlatego, w przeciwieństwie do bakterii, ich obserwacja dostarcza dużo informacji na temat całej biocenozy. Zmiany w składzie gatunkowym oraz w proporcjach
44