NuMeotydy wiążą się wiązaniami fosfodieslrowymi powstającymi pomiędzy resztą fosforanową (PO^ jednego nukleotydu. a grupą hydroksylową (-OH) przy węglu C-3 pentozy nukleotydu sąsiedniego. W łańcuchach kwasów nukleinowych wyróżniamy dwa końce:
- koniec 6* (końcowy nukleotyd posiada grupą fosoforanową przyłączoną do węgla 05 penlozy)
- koniec 3' (końcowy nukleotyd posiada wolna grupę -OH przy węglu C-3 pentozy).
Umownie, za początek łańcucha uważa się koniec 5‘. Stąd kolejność zasad azotowych w cząsteczkach DNA i RNA zapisuje się w kierunku 5'do3\