10Oml badanej wody jest filtrowane przez filtr o średnicy porów 0,45|im.
Na powierzchni filtra zostają zatrzymane bakterie. Następnie filtr jest aseptycznie przeniesiony i umieszczony na podłożu do izolacji poszukiwanych bakterii np z grupy coli i inkubowany do momentu powstania pojedynczych kolonii
Po inkubacji kolonie powstają na filtrze w tych miejscach gdzie zostały zatrzymane bakterie w trakcie filtracji. Wszystkie charakterystyczne kolonie dla oznaczanej grupy drobnoustrojów są liczone, następnie uwzględniając rozcieńczenie przelicza się liczbę kolonii na 1ml lub 1g badanego materiału, a wynik podaje się w jednostkach CFU/1ml lub CFU/1 g produktu.