(}en kodujący trans-działający element jest transkrybowany i odbywa się translacja a powstały produkt dyfunduje do cis-elementu DNA i wpływa na jego transkrypcję.
Bakteryjne promotory genów mają motywy sekwencyjne zwane „ zgodnymi — consensusowymi”. Im bardziej zgodna sekwencja tym silniejszy promotor. Siła promotora odnosi się do stosunkowej frekwencji inicjacji transkrypcji i do powinowactwa polimerazy do obszaru promotora. Niektóre bardzo silne promotory mają element UP położony dalej w górę, który podnosi powinowactwo promotora do polimerazy. W większości genów E.coli w promotorze występują dwie sekwencje heksamerowe, rozdzielone obszarem liczącym 17 pz i ulokowane w górę od punktu startu transkrypcji (+1),; lewa strona od tego punktu jest określana ,w górę” i oznaczana A wiec jeden motyw jest położony w -lOpz TATAAT- TATA box, a drugi położony w miejscu -35pz TTGACA- Pribnow box. Przestrzeń pomiędzy -10 a -35 oraz od startu transkrypcj. jest .słotna dla transkrypcji i mutacje w tym obszarze są szkodliwe