Wstawienie w obszar kodujący genu zwykle znosi funkcjonowanie białka kodowanego przez ten gen
Wstawienie w obszar kontrolny 5" genu najczęściej zakłóca lub uniemożliwia transkrypcję genu
Często wycięcie elementu ruchomego pozostawia „nie zagojone" końce DNA (wolne końce DNA) i powoduje pękanie chromosomów i powstawanie różnego rodzaju aberracji chromosomowych
U ssaków niektóre retrowirusy indukują raka.
Korzystna funkcja elementów ruchomych: (1) w powstawaniu bioróżnorodności i nadawaniu tempa ewolucji; (2) wpływ na regulację funkcjonowania pewnych genów, (3) udział w reperacji DNA; (4) maktywacja innych retrotranspozonów przez msercje w ich obszar.