• Teoretycznie, ilość produktu po zakończeniu reakcji powinna być wykładniczo proporcjonalna do początkowej puli analizowanej sekwencji w badanej próbce przed reakcją (podwajana w każdym cyklu reakcji PCR).
• W praktyce obserwuje się różnice w ilościach powstałych produktów końcowych ze względu na osiągnięcie plateau w kinetyce reakcji.
- zużyciem starterów i nukleotydów,
- spadkiem aktywności poiimerazy
- konkurencją pomiędzy starterami a produktem o matrycę
• wady detekcji w punkcie końcowym:
- słaba precyzja
- niska czułość
- niska rozdzielczość
- cena produktu tylko na podstawie wielkości
- czasochłonna
- nie daje się zautomatyzować
• może służyć jedynie do półilościowej oceny wyjściowego DNA