Dodatkowe informacje identyfikacyjne można uzyskiwać również poprzez modyfikację próbki polegającą na przeprowadzeniu związków wchodzących w jej skład w pochodne, prowadząc rozdzielenie chromatograficzne przed i po przeprowadzonej reakcji [145]. Niezależnymi od wielkości retencyjnych parametrami identyfikacyjnymi, które można uzyskać z wykorzystaniem prostego układu chromatograficznego są współczynniki podziału składników analizowanej mieszaniny w układzie ciecz-ciecz. Szczegółowe informacje na temat tego sposobu identyfikacji przedstawiono w rozdziale 3.
W identyfikacji złożonych mieszanin związków organicznych przydatne może być również przeprowadzenie analizy chromatograficznej z wykorzystaniem różnych detektorów. Taki sposób identyfikacji sprawdza się, gdy w rozdzielanych anałitach występują charakterystyczne ugrupowania atomów, np. połączenia zawierające atomy halogenów, azotu lub fosforu. W takich przypadkach korzystne jest zastosowanie kombinacji detektora uniwersalnego, czyli płomieniowo-jonizacyjnego (FID), fotojonizacyjnego (PID) lub cieplno-przewodnościowego (TCD) z detektorem selektywnym np. wychwytu elektronów (ECD), termojonizacyjnym (NPD) lub płomieniowo-fotometrycznym (FPD) [145, 147].
Bardzo użyteczne w analizie jakościowej złożonych mieszanin związków organicznych jest sprzężenie chromatografii gazowej z metodami spektroskopowymi. Obecne rozwiązania techniczne pozwalają na sprzężenie chromatografii gazowej ze spektrometrią mas (MS), z cząsteczkową spektrofotometrią w podczerwieni (FTIR) oraz z atomową spektroskopią emisyjną (AES). Dzięki zastosowaniu takich układów, w wyniku analizy chromatograficznej uzyskuje się dane chromatograficzne oraz widma rozdzielonych składników mieszaniny. Zarejestrowane widma mogą być następnie porównywane z widmami zawartymi w odpowiednich bibliotekach lub może być dokonywane wnioskowanie o strukturze związku, na podstawie analizy zarejestrowanego widma. Najszerzej wykorzystywane jest sprzężenie GC-MS, które już od wielu lat jest standardem w analizie złożonych mieszanin związków organicznych. W ostatnich latach coraz częściej wykorzystuje się połączenie GC z tandemową detekcją MS (GC-MS") [144,146-148,168].
Żaden, nawet najbardziej zaawansowany sposób analizy nie może być uznany za metodę uniwersalną, dającą pewność prawidłowej identyfikacji wszystkich składników złożonych mieszanin. Dlatego też, w przypadku analiz wielu mieszanin o nieznanym składzie stosowane było połączenie chromatografii gazowej z dwoma (GC-MS oraz GC-AES, GC-MS-FTIR) [169,170] lub trzema metodami spektroskopowymi (komplementarne wykorzystanie GC-MS, GC-FTIR i GC-AES) [171].