Mechanizm tolerancji immunologicznej w czasie implantacji blastocysty oraz w późniejszym okresie rozwoju zarodka i płodu jest złożony i ciągle nie w pełni poznany
Komórki trofoblastu cechuje zmniejszona ekspresja antygenów transplantacyjnych w związku z występowaniem na powierzchni mikrokosmków syncytiotro-fobłastu warstwy gltkokaliksu, także trofoblast nie ma antygenów zgodności tkankowej (HLA).
Komórki układu immunologicznego matki mające swoiste przeciwciała traktują trofoblast jako układ antygenowo obojętny W doczesnej podstawowej znajdują się liczne limfocyty - naturalne komórki bóicze (komórki NK) Ich funkcja cytotoksyczna nie zależy od układu HLA (antygenów zgodności tkankowej), ale w przypadku ciąży są mało aktywne, gdyż ich komplement zostaje zneutralizowany przez czynniki glikoproteinowe i lipoprotemowe, wydzielane przez syncytiotrofoblast
Aktywność wydzielmcza trofoblastu (zarówno syncytiotrofoblastu. jak i cytotrofoblastu) jest stymulowana przez niektóre cytokiny uwalniane z komórek układu immunologicznego matki.
Na osłabienie reakcji immunologicznej ze strony organizmu matczynego wpływają także hormony.
Progesteron pochodzący zarówno z ciałka żółtego, jak i z łożyska działa immunosupresymie na limfocyty Elementem strukturalnym bariery immunologicznej jest również odkładający się w łożysku fibrynoid