B nauczycielom (których zdążył również powołać) Wyłożeniu nauk dla Szkól podworskich krakowskich podług przepisu Prześwietnej Komisji E. N. ułożonego przez Hugona Kołłątaja [...]. Znalazł się w niej szczegółowy pogram nauczania dla każdej z siedmiu klas oraz założenia ogólne. Jednym z powołanych nauczycieli był Jan Śniadecki.
Teraz przystąpił do dokładnego rozpoznania stanu samego uniwersytetu, korzystając z pomocy delegowanych do tego zadania miejscowych uczonych. Robił to systematycznie i w sposób przemyślany, przygotowawszy dla każdej delegacji specjalne kwestionariusze, według których gromadził informacje, potwierdzane, kiedy to było możliwe, oryginalnymi dokumentami, a w pożądanych przypadkach również informacje dodatkowe, o jakie się zwracał bezpośrednio. Na podstawie zgromadzonej dokumentacji (zachowanej w czterech foliałach Aktów wizyty i reformy Akademii Krakowskiej w tzw. Metryce Litewskiej, dz. VII) przygotował Kołłątaj raport, z którym Komisja zapoznała się wiosną 1778 r. Konkluzja z wizyty była jednoznaczna: Akademia znajdowała się w stanie „wszechoczywistego” upadku, czego przyczynami głównymi były: „najprzód ciągłe przez lat przeszło sto z jezuitami kłótnie, oderwanie od jej edukacji młodzieży panów polskich, zmniejszenie dochodów, a w znacznej części ich upadek przez prawa potrioritatis, przez redukcje pieniędzy i przez zwyczajnę w Polszczę nierzetelność”, a jej rola i oddziaływanie ograniczało się do województwa krakowskiego. Znalazł wszakże aktualny wizytator i kilka jaśniejszych barw w tym ciemnym obrazie, wystawiając dobre opinie niektórym profesorom, zwłaszcza aktualnemu rektorowi, Antoniemu Żołędziowskiemu „zwolennikowi nowej filozofii, wolności nauki i pięknej wymowy, hojnemu ofiarodawcy na rzecz Akademii” wielu książek oraz odnowicielowi biblioteki.
Po zamknięciu tej prezentacji przedstawił Kołłątaj kolejny raport, postulujący kontynuację uprzedniego rozpoznania, to jest przystąpienia do właściwej reformy (już w pierwszych dniach kwietnia tego roku). Następną instrukcję o wizytacji (z 15 maja) otrzymał z paromiesięcznym opóźnieniem, ale wyposażyła go ona w znaczne prerogatywy bezpośredniego działania i podejmowania decyzji także personalnych, jak np. wybór dziekana wydziału filozoficznego i kierownika biblioteki, urządzenie prokuratorii Akademii do zarządzania majątkiem, zorganizowanie szpitala klinicznego. Ponieważ sprawę reformy wydziału prawa uznano za przedwczesną, skupił się (wspólnie z biskupem Krzysztofem H. Szembekiem i archidiakonem katedralnym krakowskim Józefem Olechowskim) na przygotowaniu założeń reformy wydziału teologii: znacznego ograniczenia liczby katedr (z dziesięciu do czterech: historii Kościoła, biblistyki, teologii dogmatycznej i teologii moralnej), programy szczegółowe zlecając osobom spoza swego grona. Chciał przy tym Kołłątaj dokonać zmian o szerszym zakroju, dotyczących mianowicie systemu nauczania teologii w całym kraju, przez opracowanie zwłaszcza nowych podręczników dla wszystkich seminariów duchownych. Przygotowane książki miały być co dziesięć lat przeglądane i dopełniane, by uczynić duchowieństwo „oświeceńszym, sprawiedliwszym, użyteczniejszym dla dobra publicznego,