Węglowodorowe łańcuchy boczne niepolarnych aminokwasów w białku, od działy wu ją ze sobą, dążą do maksymalnego zmniejszenia kontaktów z wodą ( hydrofobowe).
Formują one bezwodne, silnie skupione wnętrze cząsteczki białkowej, przybierającej kształt „kropelek oliwy w wodzie".
Na powierzchni lokują się aminokwasy polarne, które zawierają ełektroujemne atomy O, N, S, wchodzące w interakcje z cząsteczkami wody.
Niektóre z nich kiedy nie są zjonizowane tworzą wiązania wodorowe z molekuła wody. Te aminokwasy noszą nazwę hydrofitowych.
Moc oddziaływania grup bocznych aminokwasów z wodą jest ważnym czynnikiem determinującym konformacje cząsteczek białkowych