Bf 109F-1 na froncie wschodnim. Mechanicy nanoszą kolejne zwycięstwo powietrzne.
Pierwszymi jednostkami w basenie Morza Śródziemnego wyposażonymi w samoloty Bf 109F-2 i Bf 109F-4 była JG 53 i II./JG 3, bazujące na Sycylii. W Afryce myśliwce Bf 109F otrzymała JG 27, w której rozpoczynał służbę młody Lt. Hans Joachim Marseille. Marseille latając na Bf 109F-2/Trop i Bf 109F-4/Trop uzyskał 152 zwycięstwa (łącznie 158) powietrznych, stając się tym samym czołowym asem latającym na Bf 109F. Jego największym sukcesem było zestrzelenie sześciu samolotów Curtiss P-40 z 5 Squ-adron SAAF (Południowo-Afrykańskich Sił Powietrznych), w walce trwającej 11 minut. Dowódca 5 Sqdn. SAAF potwierdził stratę pięciu samolotów w tej walce.
W 1942 r. w ramach JG 54 utworzona została grupa myśliwska nocna 5./JG 54 dowodzona przez Hpt. Joachima Wan-dela, wyposażona w myśliwce Bf 109F. Piloci tej grupy zestrzelili 16 samolotów angielskich, a jeden z pilotów Obi. Erwin Leykauf uzyskał sześć zwycięstw w nocy z 22/23 czerwca 1942 roku.
Mistele 1 zostały użyte bojowo w czerwcu 1944 roku przez Einsatz Staffel IV/KG 101 dowodzoną przez Hpt. Horsta Rudata. Jednostka ta wyposażona w 5 Misteli 1 została przeniesiona do St Dizier i użyta do ataków na aliancką flotę inwazyjną. Pierwszy atak miał miejsce 24 czerwca 1944 r. i zakończył się niepowodzeniem. Podczas ataku angielskiego samolotu Mosquito pilot Bf 109 odłączył się od bombowca Ju 88, który został zestrzelony. W następnej akcji na jednostki alianckie w zatoce Seine Mistele były eskortowane przez samoloty myśliwskie. Wykonano atak, jednak bez powodzenia. Kolejna akcja była możliwa po wyprodukowaniu odpowiedniej liczby Misteli. Miała ona odbyć się w grudniu 1944 r. kiedy to 60 Misteli z ll/KG 200 miało zaatakować
24