1. Informacje z morfologu i anatomii
a. cechy wegetatywne i związane z rozmnażaniem -cechy kwiatów (kolor, budowa)
-cechy owoców i nasion - pozwalają częściowo na rozgraniczenie jednostek na różnych szczeblach hierarchii między gatunkami (np. nasiona u montia pomagają odróżnić gatunki)
-cechy wegetatywne mogą mieć niewątpliwe znaczenie np. przy odróżnieniu klonu i platanu -liście pomagają odróżnić różne gatunki dębów
b. cechy morfologiczne i anatomiczne- wykorzystanie różnego typu mikroskopów (np. świetlnego, elektronowego skaningowego, elektrotransmisyjnego)
-badanie urzeźbienia powierzchni pyłku
-owoców
-nasion
-TEM- transmisyjny mikroskop- elementy wewnętrzne komórki (np. różne typy plastydów w rurkach sitowych, ciała białkowe nasion, kryształy białkowe)
-mikroskop skaningowy- elementy powierzchniowe
-dane z badań- kutikuli, aparatów szparkowych, włosków, drewna
c. cechy związane z rozwojem- konieczność przeprowadzenia całego organizmu od początkowych etapów rozwoju (liście różyczkowe) po końcowe stadium (tworzenie owoców), często przydaje się korzeń
2. Informacje chemiczne
-chemotaksonomia- wykorzystuje dane chemiczne w celu ulepszenia klasyfikacji -związki chemiczne używane w chemotaksonomii:
a. pierwotne metabolity- składniki podstawowych szlaków metabolicznych np. kwas cytrynowy (ilość tych związków porównana)
b. wtórne metabolity- mniej rozpowszechnione np. alkaloidy, fenole, terpenoidy, olejki, barwniki (inny barwnik charakteryzuje inny gatunek)
c. białka i kwasy nukleinowe- podstawowa informacja genetyczna (DNA), pochodząca od niej wtórna (RNA) i informacja trzeciego rzędu (białko) analiza różnego typu DNA- jądrowego, chloroplastowego, mitochondrialnego