Mikoryzę dzielimy na ektotroficzną i endotroficzną w zależności od rozmieszczenia nitek grzybni w układzie grzyb-rośiina. Mikoryza ektotroficzną występuje na krótkich korzeniach wielu gatunków roślin dwuliściennych. Korzenie nie mają wówczas fl włośników i często czapeczki. Grzybnia występuje głównie na powierzchni korzeni, tworząc gęstą sieć splątanych nitek. W przypadku mikoryzy endotroficznej grzybnia wnika do wnętrza korzenia. Ten rodzaj mikoryzy występuje powszechnie u wielu drzew i licznych gatunków roślin zielnych.