l.Ćecha ujawnia się późno w okresie rozwoju rośliny (np cechy kwiatów czy owoców) co wymaga czekania namożliwość wykonania selękcji Allęlideterminujący interesującą nas cechę jest recesywriy -możliwość wykorzystania heterozygot do krzyżowań aby uzyskać w rozszczepieniach formy recesywneb pożądanej cesze.
Gdy wymagane są specjalne warunki aby ujawniło się działanie określonych genów np zastosowanie sztucznego zakażenia; MAS zapobiega problemem z zakażeniem np braku zezwoleń na zakażenie sztuczne.