geny
6

todą cykliczną z użyciem dideoksynukleotydów znakowanych barwnikami fluorescencyjnymi. A nowe aparaty GSFLX machinę 2007 pozwalają na analiz ę 100 min zasad jednego dnia i pewnie już niedługo znajdą zastosowanie do szybkiego sekwencjonowania indywidualnego genomu ludzkiego bądź wielu jego rejonów odpowiedzialnych za zwiększone predyspozycje do chorób, w tym również nowotworowych. Próbie czasu oparła się ASA w wersji z użyciem elektroforezy agarozowej jednak jest coraz rzadziej używana. Z trudem broni swojej pozycji RFLP/PCR ze względu na upowszechnienie mniej pracochłonnej i tańszej metody PCR w czasie rzeczywistym zwłaszcza z użyciem sond Tag Mana, która pozwala na znacznie szybsze analizowanie znanych SNP-ów i mutacji w wielu próbkach równocześnie (płytki na 384 próbek). Dodatkową zaletą tej techniki jest wyeliminowanie możliwości kontaminacji laboratorium produktami reakcji PCR, co jest niezwykle ważne zwłaszcza w laboratoriach diagnostycznych. Dzisiaj konkurencję dla tej metody stanowi niezwykle wydajny system Seąaenome MassARRAY pozwalający na genotypowanie wielu tysięcy punktów polimorficznych w ciągu dnia. Niemal całkowicie z użycia wyszła żmudna i pracochłonna metoda Southema. W wykrywaniu rearanżacji w genach odpowiedzialnych za dziedziczne predyspozycje do nowotworów i innych chorób zastąpiła ją MLPA.

PIŚMIENNICTWO    **

1.    Lubiński J, et al.: Molecular basłs of inherited predispositions for tumors. Acta Biochim Pol 2002, 49: 571-81.

2.    Orita M, et al: Detection of polimorphisms of human DNA by gel electrophoresis as single-strand con-formation poiymorphisms. Proc Natn Acad Sci USA 1989, 86: 2766-70.

3.    Nagamine CM, Chan K, Lau YFCA: PCR artifact: Generation ofheteroduplex.es, Am J Hum Genet 1989, 45: 337-9.

4.    Cotton RGH, Rodrigues NR, Camphbell RD: Reactivity of cytosine and thymine in single-base-pair mis-matches witb hydroxylamine and osmium tetroxide and its application to the study of mutatiotis. Proc Nat Acad Sci USA 1988, 85: 4397-401.

5.    O.Donovan MC, Oefber PJ: Blind analysis of denaturing highperformance liąuid chromatography as a tool for mutatioo detection. Genomics 1998, 52: 44-9.

6.    Myers RM, Maniatis T, Lemian LS: Detection and localization of single base chatiges by denaturing gradient gel electrophoresis. MethEnzymol 1987,155: 501-27.

7.    Liu W, Smith Dl: DHPLC used in the detection of germline and somatic mutations. Nucicie Acids Res 1998,26: 1396-400.

8.    Jones AC, Austin J: Optimal temperaturę selection for mutation detection by denaturing HPLC and com-parison to single-stranded conformalion polymorphism and heterodupiex analysis. Clin Chem 1999, 45: 1133-40.

9.    Arnold N, Gross E: A highly sensitive, fast and economicai techniąue for mutation analysis in hereditary breast andovarian cancers. Hum Mutat 1999, 14: 333-9.

10.    Gross E., Arnold N: A comparison of BRCA1 mutations analysis by direct sequencing, SSCP and DHPLC. Hum Genet 1999, 105: 72-8.

11.    Xiao W, Oefner PJ: Denaturing high-performance liąuid ciiromatography: a review. Hum Mutat 2001, 17: 439-74.

12.    Kurzawski G, et al.: Mutation analysis of MLHI and MSH2 genes performed by dehaturing highperformance liąuid chromatography. J Biochem Biophys Meth 2002, 51: 89-100.

13.    Rosenthal A, Chamock JDS: New protocols for seąuencing with dye lerminators. DNA Seq 1992, 3: 61-4.

14.    Ronaghi M, et a!.:Real-time DNA seąuencing using detection of pyrophosphate release. Anal Biochem 1996, 242:84-90.

15.    Schouten JP, et al.: Reiative ąuantification of 40 nucleic acid seąuences by multiplex ligation-dependent probe amplification. Nucleic Acids Res 2002, 30: E57.

16.    Chomczyński P, Sacchi N: Single-step method of RNA isolation by acid guahidinum thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Arial Biochem 1987, 162: 156-9.

17.    Luce MC, et al,: In Vitro Transcription/Translation Assay for the Screening of hMLHl and HMSH2 Mutations in Familial Colon Cancer. Gastroenterology 1995, 109: 1368-74. '

18.    Plumer SJ, Casey G: Are we closer to genetic testing for commoti malignances. Naturę Medicine 1996, 2: 156-8.

19.    Kurzawski G, et al.: Gemdine MSH2 and MLH! mutational spectrum in HNPCC families fiom Poland and the Baltic States. J Med Genet. 2002, 39, E65.

20.    Cybulski C, et al.: Germline mutations in the von Hippel-Litidau (VHL) gene in patients from Poland: disease presentation in patients with deletions of the entire VHL gene. J Med Genet. 2002, 39: E38.

21.    Górski B, et al.: Founder mutations in the BRCA1 gene in Polish families with breast-ovarian cancer. Am J Hum Genet 2000, 66: 1963-8.

22.    Heied CA, Stevens J, Livak KJ, Williams PM: Real time PCR. Genome Res. 1996, 6: 986-94.

23.    Matsubara Y, et al.: A fluorogenic allele-specific amplification method for DNA-based screening for inherited metabolic disorders. Acta Paediatr Suppl. 1999, 88: 65-8.

37