Można przyjąć, że stopień trudności procedury projektowania filtrów FIR i IIR jest podobny [4], Zaprojektowane układy różnią się parametrami i liczbą wykonywanych obliczeń podczas filtrowania sygnału. Wybór konkretnego typu filtru {FIR lub IIR) zależy przede wszystkim od zastosowań.
Filtr IIR przy mniejszej liczbie współczynników (mniejsza złożoność obliczeniowa i wymagania pamięciowe) niż filtr FIR uzyskuje charakterystykę amplitudową spełniającą zadane parametry. Trudne jest zaprojektowanie filtru IIR o liniowej charakterystyce fazowej. Liniową charakterystykę fazową można łatwo uzyskać projektując filtr FIR. Pewien problem stanowi stabilność projektowanego filtru IIR. Stabilność ta jest zagwarantowana dla filtrów FIR. Filtry IIR mają tendencję do wzmacniania szumów wynikających ze skończonej precyzji arytmetyki maszyn cyfrowych. W przypadku filtrów FIR zjawisko to nie występuje.
Filtry FIR są używane w układach wymagających liniowej fazy, dotyczy to wielu systemów telekomunikacyjnych. Filtr FIR zaprojektowany metodą Parksa-McCIellana spełnia zadane gabaryty przy najmniejszej liczbie współczynników. Filtry IIR stosuje się w układach gdzie istotny jest czas obliczeń, szczególnie przy dużych częstotliwościach próbkowania. Jeżeli zniekształcenia fazowe są dopuszczalne, to ze względu na efektywność obliczeniową, lepiej zastosować filtr IIR. Zadane gabaryty w takim przypadku, przy najmniejszej złożoności obliczeniowej spełnia filtr eliptyczny.