3
Do utworzenia wiązki elektronów potrzebne jest źródło (katoda - włókno wolframowe), gdzie wytwarzane są elektrony oraz pole, w którym następuje ich przyspieszenie. Napięcie przyspieszające powstaje w wyniku różnicy potencjałów miedzy katodą a anodą, która przyciąga elektrony. Wiązka elektronów zostaje przyspieszona w kolumnie mikroskopu, w kierunku próbki, z energią od kilkuset do kilkudziesięciu tysięcy elektronowoltów (do 30kV). Elektrony wydostające się z działa elektronowego tworzą wiązkę rozbieżną. Wiązka ta zyskuje zbieżność i zostaje zogniskowana przez zestaw soczewek magnetycznych i apertur w kolumnie.
Najbliżej próbki znajduje się soczewka nazywana obiektywem ogniskująca wiązkę w możliwie małą plamkę (spot) na powierzchni próbki. W kolumnie mikroskopu znajduje się również zestaw cewek elektromagnetycznych, których zadaniem jest odchylanie wiązki w osi X i Y w taki sposób, że wiązka elektronów pierwotnych skanuje pewien obszar próbki "punkt po punkcie" - linia po linii". Stąd wywodzi się nazwa Skaningowa Mikroskopia Elektronowa. W każdym punkcie analizowanego obszaru wiązka elektronów pierwotnych oddziaływaje z atomami badanego preparatu powodując emisję energii pod różnymi postaciami (Rysunek 2):
• elektronów odbitych (SE),
• elektronów wtórnych lub inaczej nazywanych wstecznie rozproszonych (BSE),
• elektronów Augera,
• promieniowania rentgenowskiego,
• promieniowania fluorescyjnego.