Obecna sieć rzeczna parku wykształciła się pod koniec trzeciorzędu w wyniku wgłębnej erozji potoków. Głównym ciekiem jest Prądnik, a jedynym jego dopływem na terenie parku jest Sąspówka. Potoki te zaopatrywane są w wodę z ok. 20 źródeł szczelinowo-krasowych zwanych wywierzyskami.