reprezentuje izbę na zewnątrz, jest przełożonym jej pracowników oraz kieruje sprawami izby, które nie są zastrzeżone dla jej organów, w tym między innymi: opracowuje projekt regulaminu organizacyjnego izby, występuje do prezesa Rady Ministrów z wnioskami o powołanie i odwołanie zastępcy prezesa, powołanie, odwołanie lub zmianę charakteru zatrudnienia członka kolegium, a również zwiększenie liczby członków kolegium, kierowanie obradami kolegium i powoływanie składów orzekających. Do zadań prezesa należy również przedkładanie ministrowi właściwemu do spraw administracji publicznej rocznego sprawozdania z wykonania budżetu oraz sprawozdania z działalności kontrolnej i informacyjno - szkoleniowej izby. Sprawozdania te muszą być wcześniej przyjęte przez kolegium.
Ustawa o regionalnych izbach obrachunkowych do organów izby zgodnie z art. 14 zalicza kolegium i komisję orzekającą w sprawach o naruszenie dyscypliny budżetowej. Prace kolegium odbywają się pod kierownictwem prezesa, który jednocześnie jest jednym z członków kolegium. Ponadto w skład kolegium wchodzą członkowie etatowi i nieetatowi, którzy są powoływani przez prezesa Rady Ministrów. Członkowie kolegium w zakresie realizacji zadań nadzorczych i funkcji kontrolnych są niezawiśli i podlegają jedynie ustawom. Do podstawowych zadań kolegium RIO możemy zaliczyć: ustalenie budżetów jednostek samorządu terytorialnego w przypadku , o którym mowa w art. 123, ust. 3 ustawy o finansach publicznych, orzekanie o nieważności uchwał i zarządzeń, rozpatrywanie odwołań, przyjmowanie sprawozdań z działalności kontrolnej i informacyjno - szkoleniowej izby, uchwalanie wniosków do projektu budżetu izby oraz ramowego planu pracy, przyjmowanie sprawozdań z wykonania budżetu oraz rocznego ramowego planu pracy izby, w tym planu kontroli, rozpatrywanie zastrzeżeń do wniosków zawartych w wystąpieniach pokontrolnych, opiniowanie kandydatów na członków kolegium, wybór kandydata na prezesa izby, uchwalenie regulaminu organizacyjnego izby, oraz podejmowanie uchwał w innych sprawach określonych w odrębnych przepisach. Obrady kolegium odbywają się na posiedzeniach zwoływanych przez prezesa izby. W
2