Wzajemnymi relacjami między poszczególnymi instytucjami rządzą określone zasady. 3 z mch mają charakter podstawowy i są to zasada autonomii, zasada kompetencji przyznanych i zasada równowagi instytucjonalnej.
Zasada autonomii mówi, że każdej instytucji przysługuje prawo określania swojej struktury wewnętrznej, szczegółowych przepisów dotyczących jej funkcjonowania w oparciu o podstawowe przepisy zawarte w traktatach. Każda z instytucji stanowi swoje prawo wewnętrzne, przyjmuje swój regulamin, przyjmuje swoje uregulowania proceduralne. W praktyce w ramach realizacji tej zasady wykształcił się nowy środek regulowania wzajemnych relacji między instytucjami. Są to porozumienia instytucjonalne. Ich zawieranie było możliwe w oparciu o autonomię instytucji. Każda z instytucji, skoro sama ma prawo określać swoją wewnętrzną strukturę, ma prawo również przyjmować na siebie pewne zobowiązania odnoszące się do działań wewnętrznych w stosunku do innych instytucji. Stąd właśnie wzięły się porozumienia międzyinstytucjonalne, które stanowiły realizację zasady autonomii.
Zasada kompetencji przyznanych jest konsekwencją charakteru prawnego Unii Europejskiej. Tutaj ma ona dosyć podobne brzmienie, jak w odniesieniu do samej Unii. Odnosi się jednak do działali poszczególnych instytucji i każda z instytucji działa w zakresie kompetencji jej powierzonych w traktacie oraz zgodnie z procedurami i na warunkach w traktacie przewidzianych. Każda z instytucji, żeby podjąć jakiekolwiek działanie musi wykazać, że traktat ją do niego upoważnia. Każda z instytucji pełni określone fimkcje w systemie instytucjonalnym Unii Europejskiej i te funkcje zostały wyrażone w zakresie kompetencji powierzonych poszczególnym instytucjom. Trybunał Sprawiedliwości mówi, że ten podział funkcji między poszczególne instytucje zawarty w traktacie nie może być w żaden sposób naruszony.
Ochronie tego podziału kompetencji służy zasada równowagi instytucjonalnej. Jest to zasada, która jest takim wypełnieniem w wranmkach Unii Europejskiej tych postulatów, które normalnie wiąże się w państwach demokratycznych z zasadą trójpodziału władzy. Zasada trójpodziału władzy jest zasadą wspólną dla państw demokratycznych, ponieważ nikt nic lepszego niż Monteskiusz nie wymyślił, by zabezpieczyć państwo przed władzą arbitralną, autorytarną. W Unii Europejskiej trójpodziału władzy, nawet po zmianach wprowadzonych przez Traktat z Lizbony, konsekwentnie przeprowadzić się nie da. W związku z tym, aby zapewnić to, że każda z instytucji pozostanie w ramach funkcji powierzonych jej w tr aktacie.