otrzymywania pomocy jest realizacja reform ekonomicznych i politycznych umacniających gospodarkę wolnorynkową oraz demokratyczne rządy prawa.
Programy narodowe są negocjowane corocznie przez poszczególne kraje. Kraje w porozumieniu z Komisją Europejską przygotowują projekty rozdysponowania funduszy. Tak przygotowane projekty stanowią Krajowy Program Operacyjny, który jest podstawą umowy międzyrządowej (memorandum finansowego) pomiędzy rządem danego kraju a Komisją Europejską. Następnie programy są wdrażane przez administrację kraju składającego projekty.
Specyficznym rodzajem są programy transgraniczne, które pojawiły się pierwszy raz w 1994 roku i mają na celu wsparcie obszarów przygranicznych krajów ubiegających się o członkostwo u Unii Europejskiej. Podobnie jak programy narodowe są one wdrażane przez administrację kraju - biorcy pomocy, jednakże według zasad obowiązujących w UE (INTERGEG II).
Są jeszcze programy wielonarodowe, których celem jest pogłębienie współpracy pomiędzy krajami, które pragną przystąpić do Unii Europejskiej. Projekty wykorzystania środków są przygotowywane w krajach objętych programem PHARE przez Komisję Europejską. W latach 1955-99 odsetek pomocy kierowanej w ramach programów wielonarodowych zaczął rosnąć, osiągając 10% całego budżetu PHARE. Prognozowanie i zarządzanie prowadzi Komisja Europejska.
Programy horyzontalne wspierają reformy mające na celu przystosowanie krajów starających się o członkostwo. Projekty dotyczą przede wszystkim sfery spraw społecznych, wsparcia samorządów terytorialnych i organizacji pozarządowych.
Generalnie w procesie planowania pomocy uczestniczą dwie strony: kraje objęte programem oraz Komisja Europejska. Ponieważ budżet programu jest częścią planowanego corocznie budżetu UE, stąd proces ten powtarza się co roku. Po zatwierdzeniu budżetu Komisja ustala wysokość pomocy dla jednego kraju. Następnie państwa otrzymujące pomoc przygotowują plany reform gospodarczych, które mają być przedmiotem wsparcia z PHARE - tzw. program indykatywny. Do 1994 roku takie programy przygotowywano corocznie. Powodowało to wiele utrudnień. Ze względu na perspektywę członkostwa w UE, jaka pojawiła się w 1993 roku (szczyt w Kopenhadze), postanowiono odstąpić od rocznych programów indykatywnych na rzecz paroletnich. Po zaprezentowaniu takiego programu indykatywnego odpowiednie resorty państw objętych wsparciem opracowywały konkretne projekty finansowania celów wskazanych w programach indykatywnych. Zbiór takich projektów był podstawą umowy międzyrządowej (memorandum finansowego), która kończyła proces programowania pomocy. W okresie 1990-1997 PHARE podlegał ciągłym przemianom. Decydujący wpływ na tę ewolucję miało tempo wprowadzania reform gospodarczych w Polsce. Znaczące postępy poczyniła również polska administracja w zakresie lepszej adaptacji oferowanej pomocy do bieżących potrzeb Polski.