Pracował on bez zarzutu do czasu swej nagłej śmierci w 1815. Na jego zastępcę mianowano profesora teologii, Floriana Kudrewicza.
O posadę prowizora starało się kilka osób, w tym żona zmarłego Macierzyńskiego- Hiena z Żyromskich Macierzyńska, bez przeszkolenia, ale za to ze sporym poparciem. Podpisano z nią kontrakt na 20 lat (1819-1839), zatwierdzony przez Senat Rządzący w 1821. Macierzyńska miała dbać o oficynę i oddać ją po 20 latach w dobrym stanie. Ponadto zobowiązana była zapłacić kaucję w wysokości 6000 złp. Ale nie była w stanie uzbierać takiej sumy, więc Wydział Spraw Wewnętrznych obniżył sumę kaucji do 325. Drukarnia miała być rokrocznie kontrolowana, jednak w praktyce odbyły się zaledwie dwie (w 1833 oraz w 1837) i wykazały bardzo duże zniszczenie oficyny. W 1838 roku zerwano więc umowę z powodu niedotrzymania jej warunków przez Macierzyńską. Pomimo tego nie opuściła ona domu, ani drukarni. Dopiero po kilkunastomiesięcznych wezwaniach i poleceniach Wydziału Spraw Wewnętrznych, Policji oraz Senatu Rządzącego odebrano jej klucze gmachu drukarni- opuszczając budynek zabrała nawet okna, piec i zamki. Sporządzony wykaz braków wymienia 33 pozycje, oszacowane straty na 4000 złp.
Trzeba było zaczynać właściwie od zera. W 1839 roku Senat powierzył tymczasowo drukarnię Komisarzowi Rządowemu. Pomocą ustaleniu planu działania służył mu bibliotekarz Biblioteki Jagiellońskiej. Sprawę finansową rozwiązano tak, że Komisarz zaproponował pieniądze z opróżnionej Katedry Teologii oraz połowę swojej pensji do końca roku. Zwrócono się z prośba o pomoc do Stanisława Gieszkowskiego, właściciela oficyny wówczas największej sławy i bogactwa. Gieszkowski nie dość, że długo ociągał się z odpowiedzią, to jeszcze przedstawił dwa projekty, na tak wygórowanych warunkach, że finalnie zrezygnowano ze współpracy z nim. Jeszcze przed Gieszkowskim projekt odnowy Drukarni Akademickiej został przedłożony przez jego współpracownika, Tomasza Szczurkowskiego i to z jego pomocy skorzystano. Został on wkrótce prefektem oficyny. Do zawodu przygotowywał się w drukarni Antoniego Zygmunta Helcia. Razem z drukarnią Helcia przeszedł do oficyny Gieszkowskiego. W 1840 Drukarnia Akademicka przyjęła pierwszego zecera- Karola Jastrzębskiego.
Początkowo ruch był niewielki, obroty wzrosły w 1842, kiedy zakład uzyskał prawo odbijania druków urzędowych, co dało stały dochód, który z kolei pozwolił na zakup nowych urządzeń i czcionek. Władzę w drukarni sprawował tzw. „dozór i administracja drukarni" (Senat Akademicki, prowizor, 2-osobowa komisja- dyrektor Biblioteki Jagiellońskiej oraz dyrektor Szkoły Technicznej).
2