Administracją rejencji kierował prezes rejencji, a powiatu wiejskiego -starosta, miejskiego -burmistrz. Wszyscy oni sprawowali również funkcje partyjne.
Szczególną pozycję w systemie organów administracji zajmowały organy policji i SS , w praktyce doszło później do ich połączenia, jako aparatu represji.
2.Generalne Gubernatorstwo.
Utworzono je 12 października 1939r., podporządkowano władzom Rzeszy ale nie stanowiło jej części. Pomiędzy GG i rzeszą istniała granica celna, policyjna, dewizowa i walutowa, (walutą był złoty emitowany przez Bank Emisyjny). Utrzymano w mocy przepisy prawa polskiego o ile nie zostały zmienione. Na przełomie 1939/1940 roku zaczęły działać niższe sądy polskie (obok niemieckich i pod ich ścisłym nadzorem). Dopuszczono język polski w kontaktach z Polakami, a ukraiński w dystrykcie galicyjskim. Stolicą GG był Kraków, a dzieliło się na dystrykty: krakowski, radomski, lubelski, warszawski, a od 1941 r. galicyjski.; dystrykty zaś na powiaty wiejskie i miejskie Na czele GG stał generalny gubernator ( Hans Frank), który był komisarzem ds. obrony Rzeszy i kierował strukturami NSDAP w gubernatorstwie. Miał bardzo szerokie kompetencje. Przy generalnym gubernatorze działali pełnomocnicy ministerstw Rzeszy, a w Berlinie rezydował jego przedstawiciel.
Organem doradczym był Urząd Generalnego Gubernatora, od 1940 r. zwany rządem, kierowany przez sekretarza stanu. Szefowie dystryktów od 1941 r. zwani gubernatorami kierowali całą administracją na podległym terenie. Odpowiednio na czele powiatów stali starostowie powiatowi wiejscy i miejscy. Wszystkie kierownicze funkcje powierzono Niemcom przybyłym z Rzeszy lub Volksdeutschom (obywatelom polskim narodowości niemieckiej).
Spośród polskich organów utrzymano jedynie organy wykonawcze samorządów burmistrzów i wójtów., których poddano ścisłemu nadzorowi niemieckiemu. Rozbudowano zadania policji, która kierował wyższy dowódca SS i policji, który był też komisarzem Rzeszy dla umacniania niemczyzny. Podlegali mu dowódca policji bezpieczeństwa, porządkowej oraz dowódcy SS i policji w poszczególnych dystryktach. W pewnym stopniu utrzymano działalność państwowej policji polskiej (granatowa) , a na terenach wschodnich ukraińskiej.