klasyfikacja nauk
Trzema władzami duszy rozumnej są: pamięć, wyobraźnia i rozum. Na pamięci opiera się historia, na wyobraźni - poezja, a na rozumie - filozofia.
Filozofia dzieli się na trzy działy - pierwszy dotyczy Boga, drugi dotyczy przyrody, nęci dotyczy człowieka. Pierwszy z tych działów obejmuje tylko teologię naturalną (a nieobjawiona).
Filozofia przyrody dzieli się na filozofię spekulatywnąi filozofię stosowaną, natomiast filozofia spekulatywna na fizykę, która bada przyczyny materialne i sprawcze, i metafizykę, która zajmuje się przyczynami formalnymi i celowymi. Nie chodziło Baconowi jednak o formy w znaczeniu arystotelesowskim, lecz rozumiał przez nie tyle, co stale prawa przyrody. Tak rozumiana metafizyka jest po prostu najogólniejszą częścią fizyki. Filozofia stosowana korzysta z praw korzysta z praw fizyki i metafizyki, wcielając je w czyn. Dzieli się na mechanikę i magię naturalną. Mechanika jest praktycznym zastosowaniem fizyki, natomiast magia naturalnajest metafizyką stosowaną
Matematyka tworzy krańcowe uzupełnienie filozofii przyrody. W wersji czystej obejmuje arytmetykę i geometrię, a w wersji .mieszanej' - muzykę, astronomię, architekturę. Nauki te mają swoje własne zakresy dociekań, ale korzystąjąz matematyki, jako z nauki pomocniczej.
Trzecią główną część filozofii stanowi filozofia człowieka, która obejmuje filozofię ludzkości (antropologię) oraz filozofię cywilną (polityczną). Punktem wyjścia dla antropologii jest ciało ludzkie, dalej rozpada się ona na medycynę, gimnastykę, atletykę itp. W jej zakres wchodzi także nauka o duszy (psychologia), która prowadzi do logiki (sztuka wynajdywania, sztuka sądzenia, sztuka zapamiętywania i wykładania) i etyki (nauka o naturze dobra). Filozofia cywilna rozpatruje naukę o zwyczajach, naukę o interesach i naukę o rządzie.
teoria poznania
Bacon przyznaje się do sceptycyzmu, ale dalece się różniącego od sceptycyzmu Greków. O ile oni podkopywali zaufanie do zmysłów i umysłu, o tyle Bacon szuka dla nich środków wzmocnienia. Potępia zarówno radykalnych sceptyków, jak i twórców systemów dogmatycznych. Niemniej nie ma w jego dziełach filozoficznego uzasadnienia możliwości wiedzy adekwatnej.
W procesie poznawczym rolę siły działającej i nadającej kierunek odgrywała procedura indukcyjna. Udział rozumu w tym procesie był jednak ograniczony. Droga poznania prowadzi od zmysłów do umysłu: zaczyna się od percepcji zmysłowych i prostą ścieżką wiedzie do percepcji umysłowych, którymi są prawdziwe pojęcia i naczelne zasady. Informacje podawane przez zmysły bywają zawodne, należy więc poddawać je odpowiednim próbom, w których arbitraż również przysługuje zmysłom.
Naczelne miejsce w metodologii Bacona zajmuje ekspetymentacja, pomimo braku jakiejkolwiek wyczerpującej jej teorii. Tak eksperyment, jak i metoda indukcyjna wymuszają na przyrodzie odpowiedzi na stawiane pytania, ujarzmiająją.