107879

można to za pomocą odpowiednich technik zaobserwować) - trzeba przeprowadzić 4 reakcje

Kwasy nukleinowe

DNA i RN różnią się bardzo długością (DNA 10^A4-10^A9 nk; RN A 20-4000 nk)

Na poziomie struktury II-rzędowej RN A różni się wyraźnie od DNA; jeśli chodzi o lokalne zwinięcie łańcucha, to jest ono bardzo podobne w RN A i DNA. Są oczywiście różnice. Struktura II-rzędowa wynika przede wszystkim ze skłonności pojedynczych nukleotydów do przyjmowania określonych konformacji. Możliwości obrotów wokół wielu wiązań pojedynczych, syn/anti (zasada i cukier), C3’endo (N), C2’endo (S), konfiguracje wokół C4’ i C5’ (3 różne), konfiguracja fosforanu jedna preferowana.

Struktura II-rzędowa DNA i RNA

1)    podwójne helisy (dupleksy)

2)    helisy potrójne (tripleksy)

3)    helisy poczwórne (tetrapleksy, kwadrupleksy)

4)    pętle (różnego typu, np.: szpilka do włosów)

Helisy można przypisać do rodzajów (helisy klasyczne, kanoniczne, regularne - analizując helisy we włókanch nie udało się wejść w szczegóły, więc w modelach każdy nukleotyd jest opisany przez jeden zestaw kątów dwuściennych):

-    A

-    B

-    Z

Modele zaproponowane na podstawie badań krystalograficznych we włóknach kwasów nukleinowych. Na przełomie lat 80 kiedy udało się uzyskać monokryształy krótkich DNA i RNA - potwierdzenie struktur badaniami rentgenowskimi i NMR w roztworze.

DNA - może być B, A i Z

RNA - tylko A i Z - grupa -OH przy węglu 2' oddziałuje z fosforanem i destabilizuje helisę typu B

W przypadku Z helisy powtarzalnym elementem nie jest jeden nk tylko 2 nk, zestaw kątów dla G inny niż dla C, helisa lewoskrętna

rodziny helis B - B, C, D i E A-A i A*

Z-Z i Z'

nachylenie względem osi helisy - B i Z niewielkie, A - znaczne helisa A trochę luźniejsza niż B