Interwencja Prus
Prusy postanowiły wykorzystać nadarzającą się okazję i doprowadzić do całkowitej likwidacji państwa polskiego, mimo iż powstańcy starali się przestrzegać neutralności Prus i Austrii i nie przenosili działań na teren ich zaborów. 6 czerwca pod Szczekocinami Kościuszko doznał porażki od połączonych sił rosyjsko-pruskich, 8 czerwca pod Chełmem generał J. Zajączek poniósł klęskę w bitwie z wojskami rosyjskimi.
15 czerwca skapitulował Kraków, 13 lipca wojska rosyjskie i pruskie dowodzone przez króla Fryderyka Wilhelma II rozpoczęły oblężenie stolicy. Wybuch powstania w Wielkopolsce (20-23 sierpnia) i postawa obrońców Warszawy skłoniły oblegających do odstąpienia spod miasta (5/6 września).
Za wycofującymi się oddziałami pruskimi Kościuszko wysłał korpus wojska pod dowództwem generała J.H. Dąbrowskiego. Wyprawa Dąbrowskiego zakończyła się pełnym sukcesem - powstańcy zdobyli Bydgoszcz (powstanie wielkopolskie 1794).
Sytuacja na wschodzie kraju uległa pogorszeniu. Na Litwie, mimo krótkotrwałych sukcesów, już w sierpniu powstańcy zmuszeni zostali oddać Wilno i wycofać się pod naporem przeważających sił rosyjskich. Jednocześnie, wobec pokojowych deklaracji Turcji, stojący dotychczas na Ukrainie generał A.W. Suworow skierował się na Polesie i rozbił słaby korpus powstańczy broniący przeprawy przez Bug.
U padek powstania
Generał I.I. Fersen stacjonujący ze swym oddziałem na lewym brzegu Wisły ruszył w kierunku Polesia, chcąc połączyć się z oddziałem Suworowa. Kościuszko próbował nie dopuścić do groźnej w skutkach koncentracji sił rosyjskich, 10 października pod Maciejowicami wydał bitwę korpusowi Fersena.
Bitwa zakończyła się rozbiciem wojsk polskich, ranny Kościuszko dostał się do niewoli. Klęska maciejowicka spowodowała załamanie morale w obozie powstańczym. Naczelnikiem powstania został zwolennik układów i kompromisu z Rosjanami, T. Wawrzecki. Dezorganizację powstańców wykorzystał Suworow, który skierował się pod Warszawę. 4 listopada zdobył szturmem Pragę, dokonał rzezi ludności. Pod wrażeniem bezwzględności przeciwnika stolica poddała się 5 listopada. Wycofująca się armia powstańcza uległa rozkładowi, jej dowódcy znaleźli się w niewoli. 16 listopada pod Radoszycami nastąpiło rozwiązanie oddziałów powstańczych.