- organy nadrzędne nad niefinansowymi organami postępowania przygotowawczego, poza Żandarmerią Wojskową;
- Prokurator Wojskowy;
Sąd - organami orzekającymi w sprawach karnych skarbowych są sądy - rejonowe oraz wojskowe. Sądy wojskowe orzekają w sprawach o czyny popełnione pizez żołnierzy. Jeżeli sprawcą przestępstwa jest osoba posiadająca stopień majora lub wyższy - w pierwszej instancji orzeka Wojskowy Sąd Okręgowy. W pozostałych przypadkach również dotyczy wykroczeń skarbowych, orzekają Wojskowe Sady Garnizonowe. Jeżeli sąd wojskowy uzna, że postępowanie dyscyplinarne będzie wystarczające, wówczas nie wszczyna się procesu karnego skarbowego.
Do finansowych organów postępowania przygotowawczego należą: urząd skarbowy, urząd celny oraz Inspektor Kontroli Skarbowej.
Niefinansowe organy postępowania przygotowawczego to: straż graniczna, policja, ABW, CBA, żandarmeria wojskowa. ABW i CBA - dotyczy tylko pizestępstw skarbowych. KKS uregulował kompetencje urzędów celnych i stwierdził, że w pozostałych sprawach postępowanie przygotowawcze prowadzi urząd skarbowy, chyba że przeprowadza się kontrolę skarbową - wówczas prowadzi ją Inspektor Kontroli Skarbowej. Urząd Skarbowy -ma kompetencje w każdej wykrytej przez siebie sprawie.
Nadrzędne organy finansowe:
- Miejscowo właściwa izba celna, w sprawach które leżą w właściwości urzędu celnego;
- Miejscowo właściwa izba skarbowa, w sprawach które należą do właściwości urzędu skarbowego:
- Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, w sprawach w których postępowanie przygotowawcze prowadzi Inspektor Kontroli Skarbowej;
- Minister właściwy ds. Finansów Publicznych;
Śledztwo ze względów podmiotowych prowadzi się wtedy, gdy osobą podejrzaną jest sędzia, prokurator, funkcjonariusz ABW lub CBA. Prokuratorskie śledztwo jest obligatoryjne gdy osobą podejrzaną jest funkcjonariusz straży granicznej, żandarmerii wojskowej, finansowego organu postępowania przygotowawczego.
Art. 151. Jeżeli prokurator wszczął śledztwo, może powierzyć organowi finansowemu jego prowadzenie w całości lub w części lub dokonanie określonych czynności
Przewidując możliwość negatywnych sporów kompetencyjnych, ustawodawca w art. 133 par. 2 daje możliwość wszczęcia postępowama przez organ finansowy w sprawie o przestępstwo lub wykroczenie skarbowe, które me należy do jego właściwości rzeczowej. Wówczas organ po zabezpieczeniu dowodów obligatoryjnie przekazuje sprawę do prowadzenia właściwemu organowi Możliwości konfliktu kompetencji dotyczy także art. 135 par 1-5 KKS. Ten przepis rozstrzyga ewentualna konkurencje właściwości fiurkcjonalnej kilku organów postępowania przygotowawczego w przypadku zarzuceniu sprawcy kilku czynów. Wówczas właściwy jest, ten organ, który pierwszy wszczął postępowanie.
W KKS nie zostały określone skutki prowadzenia postępowama przez organ niewłaściwy. Należy jednak uznać, że z chwilą wniesienia do sądu przez prokuratora aktu oskarżenia.