po pięciu miesiącach zwolniony, gdyż oskarżono do o udział w powstaniu. W konsekwencji zwolniono go z posady nauczyciela. Pozostał bez środków do życia związał się z Ligą Polską, której celem było bronienie sprawy narodowej polskiej na drodze jawności i legalności oraz pomoc nauczycielom zwolnionym za udział w powstaniu. 11 listopada 1849 roku ożenił się z Antoniną z Fenrychów.
W następnym roku przyszła na świat córeczka Zosia. Na łamach "Szkoły Polskiej" rozpoczął Estkowski drukowanie podręczników dla gospodarstw wiejskich oraz "Metod pisania i czytania". W 1851 roku ukazuje się "Elementarzyk". Rok 1852 był szczególnie ciężki dla rodziny Estkowskich. W kwietniu zmarła ukochana córeczka, zchorowała żona Estkowskiego, później on sam. Wielką radość wywołało przyjście na świat ich pierwszego syna Stefana. Mimo trudności nie zaprzestał Estkowski pracy redakcyjnej. Zmienił się charakter artykułów. Ponieważ uznał, że ostoją polskości jest rodzina, toteż jej poświęcił swoją uwagę. W 1853 roku przyszedł na świat drugi syn Estkowskich -Witold. Przełom lipca i sierpnia 1853 roku spędził Estkowski we Francji.
W 1854 roku redagował "Szkółkę dla Młodzieży", a w październiku tegoż roku objął posadę nauczyciela języka polskiego w prywatnym instytucie dr A. Beheim-Schwarzbacha w Ostrowie pod Wieleniem, gdzie zamieszkał z rodziną. Przebywanie wśród bagien nadnoteckich spowodowało pogorszenie stanu zdrowia Estkowskiego. Wakacje 1855 roku spędził na kuracji w Ischlu. Zdawało się, że przyjazny klimat zaleczył jego chore gardło i powrócił do domu. Pod koniec roku choroba zaostrzyła się. W wakacje 1856 roku udał się na leczenie do Soden i tam
15 sierpnia zmarł. Następnego dnia odbył się pogrzeb. W ostatniej drodze towarzyszyła Estkowskiemu nieliczna grupa rodaków. Pozostawił żonę i dwóch małych synów, nad którymi pieczę objął Teofil Lenartowicz.
Główne poglądy pedagogiczne:
SZKOŁA ELEMENTARNA
- należy oświecać chłopów i mieszczen
- szkoła elementarna powinna być otwarta dla wszystkich dzieci bez względu na ich pochodzenie
- szkoła ta będzie pierwszym stopniem na szczeblach dalszej edukacji (gimnazjum)
- nauczanie powinno opierać się na znajomości rzeczy, zbliżyć je do sposobu myślenia dzieci
- dziecko należy zainteresować nauką, rozbudzić jego ciekawość
- punktem wyjścia każdych zajęć powinny być spostrzeżenia dzieci z otaczającego świata
- przedmioty powinny mieć charakter praktyczny
PRACA NAUCZYCIELA
- nauczyciel szkoły elementarnej nie może ograniczać się tylko do pracy dydaktyczno wychowawczej, ale także być przykładem i wzorem dla wszystkich mieszkańców wsi, służyć im pomocą oraz radą
- nauczyciel ponnadto powinien mieć wiedzę na temat realiów życia na wsi
- jego praca ma zmierzać do podniesienia na wyższy poziom produkcji rolnej,