Organ celny sprawdza wniosek i ewentualnie ustala inną kwotę długu celnego (obowiązek zapłaty należności celnych). Podstawą ustalenia należności celnych jest wartość celna towaru -jego wartość transakcyjna, czyli cena faktycznie zapłacona lub należna za towary, zwiększona o koszty transportu i ubezpieczenia, prowizje czy koszty pośrednictwa, lub pomniejszona o prowizje od zakupu czy koszty transportu po dostarczeniu na obszar celny. Kolejny element obliczania cła to taryfa celna, składająca się z: l)nomenklatury towarowej (spis towarów z przyporządkowanymi kodami i objaśnieniem, jak się nimi posługiwać); 2)tabeli kolumn stawek celnych (szczegółowo określone w przepisach celnych, w zależności od rodzaju towarów czy kraju pochodzenia).
Wg kryterium źródła danej stawki wyróżnia się stawki: l)konwencyjne - towary pochodzące z krajów Światowej Organizacji Handlu; 2)autonomiczne - towary pochodzące z krajów wymienionych w rozporządzeniu Rady Ministrów; 3)preferencyjne - towary z krajów rozwijających się, o niższym poziomie PKB na jednego mieszkańca niż w Polsce; 4)obniżone -towary z krajów, z którymi Polska podpisała umowy o strefach wolnego handlu (kraje UE, Izrael, Turcja); 5)ryczałtowe - towary umieszczone w przesyłkach zagranicznych osób fizycznych o wartości do 45 euro lub bagażu podróżnym - do 175 euro.
Wg kryterium metody ustalania należnego cła wyróżniamy stawki: l)ad valorem - % od wartości celnej; 2)specyficzne - kwota euro od jednostki masy lub sztuki towaru; 3)mieszane - połączenie powyższych dwóch stawek.
Dłużnik ma obowiązek uiszczenia długu celnego w terminie 10 dni od daty powiadomienia. Od kwot niezapłaconych w terminie nalicza się odsetki za zwłokę od należności podatkowych, ale dłużnik ma też prawo ubiegać się o odroczenie terminu płatności.