Mudżahedini dostają wsparcie, pieniądze i broń, poprzez Pakistan. W maju 1985 roku zawarto porozumienie między Rabanim a , dwa odłamy mudżahedinów, co było wymuszone przez Amerykanów.
W związku w przejmowaniem coraz większych części kraju przez partyzantów, w 1986 roku usunięto z władz Kamrala, a na jego miejsce wyznaczono szef służb specjalnych - Nadżibula. Jest to już czas Gorbaczowa przy władzy. Nadżibul widzi potrzebę porozumienia się ze społeczeństwem, przede wszystkim starszyzny klanowej. Złagodzić reformy i prowadzić je na spokojnie. W związku z tym zmienił nazwisko na Nadżibullach. W 1987 roku stworzył Joladżirga - Radę Najwyższą złożoną z przywódców klanów. Ta zmienia konstytucję i ustanawia urząd prezydenta. Na 7 lat wybrano Nadżibullacha. Nie zlikwidowano monopolu partyjnego.
Żeby to ułatwić ZSRR wstrzymał działania wojenne. Mudżahedini nadmiary broni sprzedawali do Iranu, przez co Amerykanie czasowo wstrzymali dostawy do Afganistanu.
Reagan i Gorbaczow rozpoczęli negocjacje. Rozpoczęły się w 1986 roku. ZSRR zaczął negocjować sprawy konfliktów regionalnych, bo nie był w stanie rywalizować z USA na całym świecie.
W 1987 roku, na spotkaniu, Gorbaczow zaproponował wycofanie ZSRR z Afganistanu. W 1988 roku ogłoszono harmonogram wycofania ZSRR z Afganistanu, od maja 1988 do lutego 1989 roku. W maju 1988 kontyngent radziecki liczył 100 tysięcy. ZSRR stracił 15 żołnierzy zabitych i około 30 tysięcy rannych. Interwencja ta otworzyła kanał przerzutu narkotyków do ZSRR.
Podpisano układ pokojowy, gwarantowany przez USA i ZSRR. W tym czasie poza granicami Afganistanu było już 5,5 miliona uchodźców.
USA dalej wzmacniał finansowo Mudżahedinów, by ci się zjednoczyli i wyłonili rząd. Porozumienie zostaje zawarte i w lutym 1989 roku, po wycofaniu ostatnich wojsk ZSRR, zostaje stworzony w Pakistanie rząd, antykomunistyczny i tylko umiarkowanie islamski. Nie miał większych szans.
Podjęto próbę przejęcia kontroli nad stolicą, w marcu 1989 roku, komuniści. Nadżibullach nie dał się jednak usunąć. Dochodzi do konfliktu pomiędzy dwoma ugrupowaniami mudżahedinów. Dzięki temu komunistyczny rząd Nadżibullacha utrzymuje się do 1992 roku. W tym czasie będzie próbował dostosować się i transformować ustrój. W 1990 zmieniono konstytucję, dopuszczono pluralizm. Komuniści swoją partię przemianowali na Partię Ojczyźnianą. Amerykanie i Pakistan chcą doprowadzić do porozumienia, by mudżahedini opanowali stolicę. Doszło do niego w 1990 roku, ale nic to nie dało. Kolejne porozumienie z października 1991 roku, USA i ZSRR zobowiązały się nie wspierać nikogo w Afganistanie.
15 kwietnia 1992 roku Prezydent Rabani
Obydwa ugrupowania mudżahedinów oblegają Kabul, ale przez spory nie są w stanie go opanować. Dopiero po przystąpieniu do mudżahedinów szacha Masuda komunistycznego generała, Uzbeka. Nadżibullach z rodziną i współpracownikami schronił się w misji ONZ. Doszło do wojny domowej, a tymczasowo władzę nad regionami objęli komendanci wojskowi.
Mahmed Omar gromadzi wokół siebie uczniów szkół koranicznych, przez tworzy ruch Talibów. Kończyli oni wojną domową, bo prowadzili działania porządkowe, ale jednocześnie wprowadzali rządy koraniczne. Zyskiwało to poparcie społeczeństwa.
W 1996 roku odbyło się zgromadzenie w Kandaharze, Omara i mułłów. Pokonali oblegających Kabul mudżahedinów i sami rozpoczęli okupację. Mudżahedini próbowali się porozumieć, by pokonać Talibów, ale nie udało się. W 1996 roku zdobyto Kabul. Nadżibullacha z rodziną wywleczono na ulicę i zabito. Talibowie nie opanowali tylko północno-wschodniej części kraju.
Na czele kraju stanął Mułła Omar. Nie odtwarzano struktur państwowych, stworzono państwo koraniczne. Dołączył do nich Osama bin Laden.
Jedynym przeciwnikiem jest szach Masud, który schronił się w części północnej, gdzie żyli Tadżykowie, jego rodacy. Był wspierany przez Amerykanów. Prowadził on próby odbicia Kabulu, ale bez skutku. Stało się to dopiero na jesieni 2001 roku.
Sytuacja polityczna w Afganistanie niepokoi kraje sąsiednie. Próbowano negocjacji pomiędzy talibami a mudżahedinami. Talibowie jednak nie byli tym zainteresowaniu.