Organ zarządzający 90rgan zarządzający jest odpowiedzialny za prowadzenie spraw SE (art. 39 ust. 1 rozporządzenia). Jego członek lub członkowie są powoływani i odwoływani z funkcji przez organ nadzorczy. Państwa członkowskie mogą jednak wymagać lub zezwolić, by ustanowić w statucie, że członek lub członkowie organu zarządzającego są powoływani i odwoływani z funkcji przez walne zgromadzenie, na tych samych warunkach, które są przewidziane w spółkach akcyjnych mających statutową siedzibę na terytorium danego państwa członkowskiego (art. 39 ust. 2 rozporządzenia). Ustawodawca polski, korzystając z tej delegacji, wprowadza tu wyjątek od zasady, że są oni zasadniczo powoływani i odwoływani przez organ nadzorczy. Po pierwsze, przyznaje walnemu zgromadzeniu bezwzględne prawo odwołania członka zarządu lub zawieszenia go w czynnościach. Po drugie, przyznaje twórcom statutu SE możliwość określenia, że członków zarządu będzie powoływać lub odwoływać walne zgromadzenie, tak jak przewiduje to art. 368 § 4 zd. 1 k.s.k
9Żadna osoba nie może być jednocześnie członkiem organu zarządzającego i nadzorczego tej samej SE. Jednakże organ nadzorczy może przesunąć jednego ze swych członków do wykonywania obowiązków jako członek organu zarządzającego w przypadku wolnego miejsca pracy. W trakcie tego okresu funkcje tej osoby jako członka organu nadzorczego są zawieszone. Państwo członkowskie może przewidzieć tutaj ograniczenie czasowe (art. 39 ust. 3 rozporządzenia). Korzystając z tego upoważnienia, ustawa o EZIG i SE, wzorem art. 383 § 1 k.s.h., przewiduje czasowe ograniczenie pełnienia przez członków rady nadzorczej czynności członka zarządu, który z wymienionych powodów nie może wykonywać swoich funkcji. Zgodnie z art. 25 powołanej ustawy członek rady nadzorczej delegowany do czasowego wykonywania czynności członka zarządu, który został odwołany, złożył rezygnację albo z innych przyczyn nie może sprawować swoich funkcji w radzie nadzorczej, może wykonywać te czynności przez okres nie dłuższy niż trzy miesiące.
Liczba członków organu zarządzającego lub zasady określające ją ustanawia się przez statut SE, jednakże państwa członkowskie mogą ustalić ich liczbę maksymalną i minimalną (art. 39 ust. 5 rozporządzenia).