W obu przypadkach z gramatycznej interpretacji art. 40 k.p.k. wynika brak przeszkód w orzekaniu.
Drugi rodzaj wyłączenia to wyłączenie fakultatywne (art. 41 k.p.k.).
Tego rodzaju wyłączenie może nastąpić, gdy między sędzią a jedną ze stron zachodzi tego rodzaju stosunek osobisty, że mógłby wywołać wątpliwości co do bezstronności sędziego. Przykładem takiego stosunku jest bliska znajomość, przyjaźń, konflikt, sprzeczność lub zbieżność interesów Podstawy fakultatywne wyłączenia sędziego dotyczą takich sytuacji życiowych, których nie da się przewidzieć, ani też wymienić w ustawie. Stosunek osobisty musi być tego rodzaju, ze stwarza realne, a nie urojone podstawy do powątpiewania w bezstronność.
Wniosek o wyłączenie sędziego z powodów fakultatywnych można skutecznie zgłosić w części wstępnej rozprawy do rozpoczęcia przewodu sądowego. Wniosek zgłoszony w czasie przewodu sądowego pozostawia się bez rozpoznania, chyba że przyczyna wyłączenia sędziego powstała lub stała się strome wiadoma dopiero po rozpoczęciu przewodu sądowego (art. 41 § 2 k.p.k.).
Wyłączenie sędziego może nastąpić z urzędu, na żądanie sędziego albo na wniosek strony (art. 42 k.p.k.).
Jeżeli sędzia uznaje, że zachodzi przyczyna wyłączenia go z mocy art. 40 k.p.k. wyłącza się składając stosowne oświadczenie na piśmie do akt sprawy, a na jego miejsce wyznacza się innego sędziego.
Sędzia zaś, o wyłączenie którego złożono wniosek, może złożyć do akt stosowne oświadczenie na piśmie i wstrzymać się od udziału w sprawie, musi jednak wykonać czynności me cierpiące zwłoki (art. 42 § 3 k.p.k ).
Poza wypadkiem określonym w § 2 o wyłączeniu orzeka sąd, przed którym sprawa się toczy. W składzie orzekającym w tej kwestii me może brać udział sędzia, którego wyłączenie dotyczy (art. 42 § 4 k.p.k ).
Jeżeli w sądzie takiego składu nie można utworzyć- w kwestii wyłączenia orzeka sąd wyższego rzędu (art. 42 § 4 k.p.k ).
Jeżeli z powodu wyłączenia poszczególnych sędziów, rozpoznanie sprawy w danym sądzie jest niemożliwe, sąd wyższego rzędu przekazuje do rozpoznania sprawę innemu sądowi równorzędnemu (art. 43 k.p.k.).
Konsekwencje nie wyłączenia sędziego są różne. Orzekanie przez sędziego, który powinien być wyłączony z mocy prawa (iudex inhabilis), stanowi uchybienie bezwzględne (art. 439 pkt.. 1 k.p.k.).
Orzeczenie takie zostanie uchylone, a sprawa przekazana do ponownego rozpoznania Jeżeli orzekał sędzia tzw. iudex suspectus, stanowi to uchybienie względne i może być podstawą zaskarżenia orzeczenia z art. 438 pkt. 2 k.p.k. jako obraza przepisu postępowania - art. 41 k.p.k.
Wysuwając ten zarzut trzeba udowodnić, że mogło to mieć wpływ na zaskarżone rozstrzygnięcie.