84738

Czynnik aktywatora łączy się z ogonem mediatora. Mediator przekazuje sygnały płynące z aktywatorów i rep resorów (wiąże się ze specyficznymi sekwencjami DNA, hamuje transkrypcję) Synteza i procesowanie RNA Procesowanie RNA może miejsce u procaryota.

Synteza RNA - reakcja, w której kolejne nukleotydy są dołączane do łańcucha, katalizowana przez prymaty. Odłączany jest PPi. Hydroliza PPi przez pirofosfatazę napędza syntezę. Nie jest wymagany starter - synteza de novo.

Elongacja - enzym syntezujący DNA ma tylko 4 podjednostki: a, a\ (3, (3\ Podjednostka a opuszcza kompleks po zsyntezowaniu kilku pierwszych nukleotydów (30pz), tworzy się bąbel transkrypcyjny, bo DNA ulega stopieniu. Transkrypt tworzy stabilny kompleks (8pz). Kompleks musi silnie oddziaływać z DNA, lecz nie za silnie, gdyż musi się poruszać. Polimeraza porusza się wzdłuż matrycy syntezującej RNA: nie porusza się ze stałą prędkością (synteza nie jest ciągła) i czasem następuje pauza, której może towarzyszyć cofanie się (kluczowe podczas germinacji transkrypcji).

Terminacja - polimeraza porusza się skokami. Podczas pauzy decyduje, czy dalej syntezować, czy kończyć. Wybór jest prosty, ukierunkowany termodynamicznie. Terminacja jest zdeterminowana strukturą matrycy. Musi być sekwencja odwróconego palindromu i spinka do włosów.

Połączenie w spince, które jest oddziaływaniem RNA-RNA jest korzystniejsze niż oddziaływanie RNA-DNA. Oddziaływanie ulega osłabieniu między transkyrptem a matrycą. W transkrypcje pojawia się ciąg U. oddziaływanie AU- jest słabe i łatwo je oddysocjować.

Podczas germinacji polimeraza zmienia konformację.

Fragmenty struktury polimerazy - klapka - sąsiaduje z miejscem, gdzie RNA opuszcza kompleks. Pojawienie się spinki do włosów przesuwa klapkę, a wraz z tym zmienia konformację w centrum aktywnym, przez co centrum nie jest zdolne do dalszej przemiany.

Białko Rho

Sygnał germinacji zależy od białka Rho. Skutkuje to powstawaniem spinki do włosów w transkrypcje. Jest mniej stabilna, ale nie ma ciągu U na transkrypcje. Rho przesuwa się wzdłuż RNA (jest helikazą). Polimeraz biegnie dotąd, aż pojawi się sygnał germinacji. Zatrzymuje się i wtedy Rho ją dogania i oddysocjowuje.