Instytucja zarządzająca, może w drodze porozumienia delegować wykonywanie części swoich zadań do instytucji pośredniczących, z tym że mimo dokonania takiej delegacji odpowiedzialność za całość realizacji programu ponosi nadal instytucja zarządzająca.
Delegacji podlegają w szczególności zadania w zakresie:
1) Przygotowania i przekazanie instytucji zarządzającej propozycji szczegółowego opisu prioiytetów programu operacyjnego w oparciu o wytyczne ministra właściwego ds. rozwoju regionalnego
2) Przygotowania i przekazania Komitetowi Monitorującemu propozycji kryteriów wyboru projektu
3) Dokonywania wyboru projektów, które będą dofinansowane w ramach programu operacyjnego
4) Kontroli realizacji dofinansowanych projektów
5) Odzyskiwania kwot nienależnie wypłaconych beneficjentom
Instytucją wdrażającą (pośredniczącą II stopnia) jest podmiot publiczny lub prywatny, któremu na podstawie porozumienia lub umowy została powierzona, w ramach programu operacyjnego, realizacja zadań odnoszących się bezpośrednio do beneficjentów.
Instytucja certyfikująca to krajowy, regionalny lub lokalny organ władzy publicznej lub podmiot publiczny, wyznaczony przez państwo członkowskie do poświadczenia deklaracji wydatków i wniosków o płatność przed icłi przesłaniem do Komisji.
Instytucja audytowa to krajowy, regionalny lub lokalny organ władzy publicznej lub podmiot publiczny, funkcjonalnie niezależny od instytucji zarządzającej i instytucji certyfikującej, wyznaczony przez państwo dla każdego programu operacyjnego i odpowiedzialny za weryfikację skutecznego działania systemu zarządzania i kontroli.
Zgodnie z art. 35 d uzppr funkcję instytucji audytowej dla wszystkich programów operacyjnych pełni Generalni Inspektor Komisji Skarbowej.
Minister właściwy ds. rozwoju regionalnego odpowiada za koordynację (instytucja koordynująca) wykorzystania środków zagranicznych, w tym z budżetu UE, przeznaczonych na dofinansowanie programów operacyjnych, z wyjątkiem programów współfinansowanych z EFRROW i EFR. W zakresie tym minister zapewnia kontrolę wykorzystania środków pochodzących ze źródeł zagranicznych, w tym z budżetu UE.