oprócz pozytywnych przemian doprowadził również do wielu wewnętrznych napięć w Kościele. Dla tzw. integrystów sobór był odejściem od zasad prawdziwej wiary. Reprezentantem tego nurtu był arcybiskup Lefebvre. który stanął na czele wspólnoty odrzucającej reformy soborowe. Drugiej strony tzw.. progresywiści ciągle domagali się dalszych zmian pod hasłem „pełnej realizacji ducha soboru”.
Posoborowy Kościół nękało wiele problemów. Jednym z nich był kryzys kapłaństwa i żucia zakonnego w wielu krajach Zachodu. Innym problemem była teologia wyzwolenia w Ameryce Łacińskiej, której głosiciele starali się pogodzić zasady katolicyzmu z marksizmem. Nowy okres przemian zaczął się w Kościele, w 1978 r. po wybraniu na papieża Karola Wojtyły, wcześniej aktywnego uczestnika soboru watykańskiego II.