Obszary Natura 2000
W zlewni Mieni leży tylko jeden obszar Natura 2000 - Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Torfowisko Mieleńskie (PLH040018). Jest to torfowisko przejściowe nad jeziorem Mielno, w którego obrębie znajduje się również rezerwat przyrody. Występuje tu bogata populacja reliktowej brzozy niskiej, a także rzadkie mchy i rośliny naczyniowe.
Ujściowy odcinek Mieni płynie przez Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków Dolina Dolnej Wisły (PLB040003).
15