Wykładają także historię sztuki nowoczesnej w Instytucie Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa - na kierunkach ochrona dóbr kultury, konserwacja i restauracja dzieł sztuki, krytyka artystyczna. Prowadzą ponadto na większości kierunków Wydziału Sztuk Pięknych (poza edukacją artystyczną i sztuką mediów) seminaria magisterskie i doktorskie, a na krytyce artystycznej seminarium licencjackie. W Zakładzie powstało około dwustu prac magisterskich z zakresu historii sztuki nowoczesnej obronionych na ochronie dóbr kultury oraz około trzystu prac dyplomowych na kierunkach artystycznych.
Uruchomiony z inicjatywy Zakładu od roku akademickiego 2012/2013 kierunek krytyka artystyczna ma nowatorski charakter - wprowadza po raz pierwszy do programu uniwersyteckich studiów w Polsce nowe. ujęte z globalnej perspektywy krytyczno-artystyczne koncepcje interpretacji sztuki i kultury artystycznej oraz myśli o sztuce. Kierunek ten łączy badania historyczne z antropologiczną refleksją, podkreślającą międzykulturowe i międzydyscyplinarne aspekty sztuki.
Zakład od 2005 roku organizuje co dwa lata Konferencje Sztuki Nowoczesnej. Ich tematami przewodnimi były kolejno: .Sztuka lat 1905—1923” (2005), „Dzieje krytyki artystycznej i myśli o sztuce” (2007), „Szpetne w sztukach pięknych. Brzydota, deformacja i ekspresja w sztuce nowoczesnej” (2009), „Inspiracje sztuką dawną w sztuce nowoczesnej” (2011). W 2010 roku zorganizowano konferencję „Młody plakat polski 2000—2010" oraz, z okazji dwustulecia pierwszego wykładu z historii sztuki wygłoszonego na Uniwersytecie Wileńskim (15 września 1810 r.). którego tradycję dziedziczy UMK, Jubileuszową Międzynarodową Konferencję „Dzieje historii sztuki w Środkowej, Wschodniej i Południowo-Wschodniej Europie".
• Małgorzata Jankowska. Film artystów. Szkice z historii filmu plastycznego i ruchu fotomedialnego w Polsce w latach 1957—1981. Toruń 2002.
• Studia o artystach XVIII—XX w„ red. Jerzy Malinowski, Toruń 2003.
■ Małgorzata Geron. Tymon Niesiołowski (1882—1965). Życie i twórczość. Warszawa 2004.
• Małgorzata Jankowska. Wideo, wideo instalacja, wideo performance w Polsce w latach 1973—1994. Historia. Artyści. Dzieła, Warszawa 2004.
• Joanna Kucharzewska. Architektura i urbanistyka Torunia w latach 1871-1920. Warszawa 2004.
• Jerzy Malinowski. Malarstwo polskie XIX wieku. Warszawa 2003 - nagroda I stopnia Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego.
• Katarzyna Kulpińska. Szata graficzna młodopolskich czasopism literacko-artystycznych. Warszawa 2005.
• Sztuka lat 1905—1923. Malarstwo - rzeźba - grafika - krytyka artystyczna, red. Małgorzata Geron, Jerzy Malinowski, Toruń 2006.
• Rzeźba polska przełomu XIX i XX wieku. Studia, red. Jerzy Malinowski, Warszawa 2007.
• Dzieje krytyki artystycznej i myśli o sztuce. Materiały z konferencji naukowej, Toruń. 13—15 czerwca 2007. red. Małgorzata Geron, Jerzy Malinowski. Warszawa 2009.
• Joseph Saunders, Discours sur 1'influence et utilite des arts imitatifs / O wpływie i użytku sztuk naśladowczych [1810], oprać. Jerzy Malinowski. Toruń 2010.
• Szpetne w sztukach pięknych. Brzydota, deformacja i ekspresja w sztuce nowoczesnej, red. Małgorzata Geron. Jerzy Malinowski. Kraków 2012.
Zakład publikuje lub publikował serie wydawnicze: „Studia z architektury nowoczesnej” (wyd. UMK, 7 tomów), „Pamiętnik Sztuk Pięknych’ (wyd. UMK, 8 tomów), „Sztuka nowoczesna” (wyd. Neriton, 16 tomów); „Archiwum Sztuki Polskiej XX wieku” (wyd. Neriton, 4 tomy).