Działalność Instytutu prowadzona jest przez specjalistyczne zakłady badawcze i wspomagające je inne jednostki organizacyjne Instytutu.
ZASTĘPCA NACZELNEGO DYREKTORA DS. STRATEGII I ROZWOJU
ZAKŁAD MONITORINGU ŚRODOWISKA
ZAKŁAD BADAŃ EKONOMICZNYCH I SPOŁECZNYCH
ZAKŁAD TERENÓW POPRZEMYSŁOWYCH I GOSPODARKI ODPADAMI
ZAKŁAD INŻYNIERII MATERIAŁOWEJ
ZAKŁAD OCHRONY WÓD
ZAKŁAD OSZCZĘDNOŚCI ENERGII I OCHRONY POWIETRZA ZAKŁAD OCENY JAKOŚCI PALIW STAŁYCH