Po pewnym czasie policja zorientowała się, że Azef przemilcza pewne rzeczy, o których wie, a gdy sprawa Gierszuniego nabrała dla Departamentu dużej wagi, Zubatow „wsiadł” na Azefa, żądając odeń pomocy w tej sprawie. Azef zgodził się, ale zażądał za to zawrotnej sumy 50 tysięcy rubh. Zubatow nie był skłonny tyle zapłacić. Aby oddziałać na Azefa, zorganizowano jego spotkanie z Łopuchinem, ale i to nie pomogło. Ostatecznie postanowiono odkomenderować Azefa za granicę.
Na początku 1903 roku Gerszuni podczas swego pobytu za granicą pozostawił u swego stałego pełnomocnika Gotza szczegółowy schemat organizacyjny Organizacji Bojowej i dyspozycje, aby na wypadek jego uwięzienia kierownictwo OB objął Azef. Kiedy w maju 1903 roku Gierszuni został aresztowany, Azef stanął na czele organizacji bojowej.
O ile dawniej głównym źródłem dochodów Azefa była kasa Departamentu Pobcji, o tyle teraz, gdy stanął na czele Organizacji Bojowej, sytuacja zmieniła się radykalnie. Szef Organizacji Bojowej dysponował kasą tej organizacji, przez którą przechodziły tysiące rubli. Nie musiał się nawet szczegółowo rozliczać z tych pieniędzy. Z kasy Organizacji Bojowej można było wyciągnąć dochody znacznie większe niż te 500 rubli na miesiąc, które płaciła Azefowi policja. Dawniej rewolucyjna kariera była mu potrzebna tylko w takim stopniu, w jakim stanowiła element i warunek jego kariery policyjnej, teraz, kiedy mógł dysponować kasą Organizacji Bojowej, myśl o utrzymaniu tej kasy zaczyna dominować. Niezbędnym warunkiem utrzymania kontroli nad kasą rewolucyjną było utrzymanie na odpowiednim poziomie działalności Organizacji Bojowej.
Aktem terroru, który mógł zapewnić Azefowi odpowiednią pozycję w partii eserowskiej, miało się stać zabójstwo ministra spraw wewnętrznych Plehwego. Przygotowanie i wykonanie takiego zamachu wymagało skompbkowanej pracy organizacyjnej. Musiała być w tę sprawę zaangażowana cała grupa ludzi. Obserwacje prowadzib specjalni wysłańcy grający rolę dorożkarzy, sprzedawców gazet, drobnych handlarzy-kolporterów itp., inni ludzie musieli „obsłużyć technikę” - przygotować materiały wybuchowe, wykonać bomby, istotną rolę odgrywali też działacze, którzy koordynowali pracę poszczególnych elementów organizacji. Sam bezpośredni akt zamachu był tylko ostatnim ogniwem całej roboty przygotowawczej. Podstawowe kadry oddziału, który miał działać przeciw Plehwemu, rekrutowały się głównie spośród studentów usuniętych z wyższych uczelni za udział w ruchawkach studenckich w latach 1899 — 1902. Surowość, z jaką rząd potraktował te czysto smdenckie rozruchy, doprowadziła do tego, że kadry wszystkich organizacji, które prowadziły walkę przeciw caratowi w okresie rewolucji 1905 roku, rekrutowały się w dużej mierze z uczestników tych wydarzeń.
Członkowie grupy bojowej, która miała dokonać zamachu na ministra, nie mieli żadnego doświadczenia. Jedynym ich faktycznym kierownikiem był Azef, który osobiście zaznajamiał się z każdym członkiem oddziału, każdego szczegółowo badał i następnie wyjaśniał mu szczegóły planu i jego miejsce w akcji. Powtarzał przy tym spokojnie: ,Jeżeli nie będzie prowokacji, Plehwe będzie zabity”.
Oczywiście, sam Azef nie miał zamiaru ryzykować. Wyjechawszy w lecie 1903 roku za granicę, przeszedł właśnie pod kierownictwo L.A. Ratajewa, mianowanego krótko przedtem szefem rosyjskiej pobcji pobtycznej za granicą. Był to stary pracownik Departamentu Pobcji, znał dobrze technikę śledztwa policyjnego, ale wywiadem interesował się tylko z obowiązku. Ze stanowiska kierownika śledztwa pobtycznego w Cesarstwie został wydelegowany na placówkę zagraniczną jakby na honorowe zesłanie, czuł się też w związku z tym obrażony i skrzywdzony. Wszystko to ułatwiało Azefowi dezinformowanie pobcji, bez narażania swej osoby.
W pierwszych miesiącach swego ówczesnego pobytu za granicą Azef nie dawał Katajewowi żadnych wiadomości, tłumacząc to tym, że nie zdążył się jeszcze rozejrzeć i utrwalić swych stosunków. Potem zaczął przesyłać informacje o życiu grup emigranckich, wreszcie - już po wysłaniu oddziału bojowego przeciw Plehwemu — przyjechał do Paryża, serwując różne