W końcu VI tysiąclecia p.n.e., w epoce neolitu, pierwsi ludzie osiedlili się w dolinie Nilu. Okres ten nazywany jest okresem predynastycznym. W II połowie II tysiąclecia p.n.e. powstała złota maska Tutanchamona. Jednym z okresów świetności był okres Nowego Państwa. W VI tysiąclecia p.n.e. powstała kamienna maska nieznanego władcy. Ukształtowanie powierzchni oraz zmiany klimatyczne zdeterminowały dzieje Egiptu. Egipt tradycyjnie dzieli się na Dolinę Nilu i Deltę Nilu. Oba te obszary różni od siebie klimat, kultura i dzieje. Podział ten jest widoczny do dziś. Pod względem etnicznym Egipt obejmuje obszar od I katarakty (w okolicach dzisiejszego miasta Asuan) na południu do ujścia Nilu na północy. Kair dzieli Egipt na Dolny i Górny. Na wschód i na zachód od Doliny Nilu ciągną się Pustynia Wschodnia i Pustynia Zachodnia. Dolina Nilu ma zróżnicowaną szerokość. Najszersza jest w Egipcie Środkowym, dzięki czemu mogły tam powstać rozległe pola uprawne.
Pustynie Egiptu i cała Sahara, dziś jałowe, kilka tysięcy lat przypominały bardziej sawannę Południowego Sudanu niż pustynię piaszczystą. Z pustyni, będącej wtedy sawanną, ludy zbieracko-łowieckie dotarły do Doliny Nilu i ją zasiedliły. Ludy te wykonały ryty naskalne i malowidła ochrą, które przedstawiały myśliwych z psami oraz łodzie. Ludy te zapoczątkowały na Pustyni Zachodniej neolityzację, czyli przejście od zbieracko-łowieckiego trybu życia do upraw zbóż i hodowli zwierząt.
Jeszcze na początku V w. p.n.e. na obszarze dzisiejszych pustyń występowały znaczne opady. W połowie III tysiąclecia p.n.e., u schyłku Starego Państwa, na obszarze nekropoli Sakkara, gdzie chowano władców VI dynastii, pokrywała sawanna. Możliwe było polowanie na zwierzęta, uprawa zbóż oraz hodowla bydła. W dolinie Nilu, wraz z osiedleniem się pierwszych grup ludzi, zaczęła kształtować się cywilizacja Egiptu faraońskiego. Ludzie zaczęli schodzić z pustyni do Doliny Nilu, gdy klimat zaczął stawać się coraz bardziej suchy. Do tej pory obszar delty i doliny Nilu nie był interesujący dla osadników ze względu na coroczne potężne wylewy, niebezpieczne zwierzęta, malarię i inne choroby. Wylewy trwały aż do czasu zbudowania tamy w Asuanie.
Zasiedlanie Doliny Nilu rozpoczęło się pod koniec VI tysiąclecia p.n.e., co było równoznaczne z początkiem neolitu w Dolinie Nilu. Zaczęły rozwijać się różne kultury. Okres, który rozpoczął się w latach 5200-4500 p.n.e., nazywany jest okresem predynastycznym. W Górnym Egipcie rozkwitły takie kultury jak Merimde, Fayum i Omari. Kultura Merimde rozwinęła się w I połowie V tysiąclecia p.n.e. wokół swojego stanowiska eponimicznego. Kultura ta wznosiła okrągłe chaty z cegieł mułowych suszonych na słońcu, z niewielką jamą zasobową, pełniącą funkcję spichlerza, wkopaną w ziemię. Ta wczesnoneolityczna kultura była kulturą osiadłą.
Nico późniejsza Kultura Badari w Górnym Egipcie rozwinęła plastykę figuralną i wybudowała jamy grobowe. Ciała zmarłych wkładano do nich w pozycji embrionalnej, na lewym boku. Tradycja chowania zmarłych na lewym boku utrwaliła się w tradycji Egiptu na wiele lat. Do grobów wkładano figurki przedstawiające kobiety, być może boginie płodności.
Kultura Nagada, posiadająca trzy fazy rozwojowe, powstała również w Górnym Egipcie i była spadkobierczynią Kultury Badari. I faza tej kultury doprowadziła do powstania w IV tysiącleciu p.n.e. Hierakonpolis (stanowisko 29). W IV tysiącleciu p.n.e. wytworzyły się wszystkie ważne elementy kultury Egiptu faraońskiego. Wtedy powstały sztuczne systemy irygacyjne, instytucje państwa oraz pismo. Wszystkie te elementy kultury wykształciły się przed I dynastią, czyli przed okresem historycznym. W el-Amra powstały domostwa budowane na planie czworokąta. Kultura Nagada I stworzyła tzw. idole ptasie. Do grobów wkładano ceramiczne
4