3870137095

12 W BOCIAN L KOZERSKI

R\ sunek 7 Fragment struktur* kompleksu TPT DNA

W obu powyższych pracach dane eksperymentalne NMR zastosowano głównie w procesie walidacji poprawności, czy też wyboru najbardziej uprzywilejowanych struktur, spośród wielu obliczonych teoretycznie w drodze precy zyjnej i długotrwałej symulacji dynamiki molekularnej (10 ns symulacje uwzględniające cząsteczki wody). Selekcji właściwych struktur dokonano na podstawie porównania obliczonych z eksperymentalnymi w artościami uśrednionych efektów NOE oraz zmian przesunięć chemicznych 'H NMR. Jako dodatkowej informacji użyto zmian wartości obliczonej energii sw obodnej kompleksu metodą MM-PBSA (ang. Moleciilcir Me-chanics Poisson Boltzmann Sur face Area).

Postępowanie powyższe zmienia klasyczny protokół wyznaczenia struktury wg przedstawionego wyżej protokółu, przede wszystkim uniezależniając w dużych stopniu końcow e struktury od jakości więzów eksperymentalnych i wzbogacając go w istotne informacje o dynamice kompleksów. Postępow anie to zmienia i rozszerza dotychczas stosowany schemat badań struktury oddziaływań ligand-biocząsteczka o następujące elementy:

6. modelowanie przestrzeni konfirmacyjnej kompleksu metodą precyzyjnej dynamiki molekularnej (MD),