3870137261

54 Z GDANIEC

3. PRZYPISANIE SYGNAŁÓW DLA CZĄSTECZEK O NATURALNEJ

ZAWARTOŚCI IZOTOPÓW

Przypisywanie sygnałów w widmach kwasów nukleinowych polega na analizie kontaktów NOE i sprzężeń skalarnych [16-20]. Procedury wykorzystywane do przypisywania sygnałów w widmach NMR są bardzo podobne dla cząsteczek DNA i RN A, a opisane poniżej metody będą dotyczyły głównie cząsteczek RN A.

N-H

%

«

er O H-N

Rysunek 2. Schematyczne przedstawienie par Watsona-Cricka A-U i C-G. Strzałki pokazują możliwe oddziaływania NOE dla danej pary zasad (linia ciągła) oraz między sąsiednimi parami zasad (lima przerywana)

Analizę widm cząsteczek kwasów nukleinowych rozpoczyna się od przypisania sygnałów iminowych i aminowych reszt nukleozydowych w widmach 2D NOESY. Typowe kontakty NOE, w które zaangażowane są protony iminowe i aminowe obserwowane w helikalnych strukturach A-RNA, przedstawione są na Rysunku 2. Ponieważ w kwasach nukleinowych protony iminowe i aminowe ulęgają szybkiej wymianie z otaczającą je wodą, dlatego widma kwasów nukleinowych wykonuje się w zwykłej wodzie z niewielkim dodatkiem wody ciężkiej (6-10% D,0). Na podstawie analizy oddziaływań NOE dla protonów wymienialnych otrzymuje się informację o tworzących się parach zasad, a tym samym o strukturze drugorzędowej badanej cząsteczki. W kolejnym kroku sygnały protonów H6/H8 przypisywane są na podstawie analizy intra- i intemukleotydowych połączeń NOE obserwowanych w regionie H6/H8-H1 ’ widma NOESY (100% D₂0), a wyznaczających tak zwaną sekwencyjną ścieżkę NOE. Typowa dla regularnej struktury A-RNA sekwencyjna ścieżka NOE oraz przykładowy fragment widma z zaznaczoną ścieżką przedstawione są na Rysunku 3.